往linux系统里下载blast,Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程【上】

本文提供在Linux系统中进行NCBI BLAST+本地化的方法。实测环境为Linux64位系统，无ROOT权限。

本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用)，高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法，一是因为思路一样，二是因为Linux中BLAST效率更高，系统更稳定，不会卡死。所以，请用Linux服务器，我想你也不忍心让自己心爱的本本跑几十个小时的程序吧。

请不要因为篇幅长，而觉得很困难，只是为了初学者能懂，叙述比较详(luo)细(suo)而已。

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做好心理准备，开始了] ——————————————–

1. 安装配置BLAST+程序

在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/中下载最新的BLAST可执行程序(不要下载源代码，源码编译非常慢)，选择预编译版本，如ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz。如果服务器能联网，可直接用wget下载。或者，下载后用SFTP客户端传输到服务器上。

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wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz

解压缩：

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tar -zxvf

ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz

(按理说解压缩后就可以通过绝对路径直接使用了，但为了今后的方便，还是继续配置吧)为了方便，将其移动到我安装本地程序的目录(参考《Linux上设置良好的目录结构》)，并重命名(固定命名，不带版本号，避免因升级而修改配置文件)，统一管理。

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mv ncbi-blast-2.2.30+

~/local/app/

# 移动

cd ~/local/app/#

进入本地程序安装路径

mv ncbi-blast-2.2.30+

blast#

修改目录名

现在，已经将BLAST+安装到~/local/app/blast 中了(~知道吧，就是用户的家目录，可用环境变量$HOME代替)。

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[shenwei@mu01

blast]$

pwd # 查看当前目录的绝对路径

/db/home/shenwei/local/app/blast

[shenwei@mu01

blast]$

ls#

查看当前目录的内容

binChangeLogdocLICENSEncbi_package_infoREADME

将BLAST+可执行程序所在目录(bin)的绝对路径加入到环境变量$PATH中，方便通过程序名直接调用。编辑~/.bashrc文件，在最后加入以下行：

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export PATH=/db/home/shenwei/local/app/blast/bin:$PATH

如果不会使用vi/vim等编辑器，可直接运行下列一行命令，将上述内容添加到~/.bashrc文件(看清楚，和上面不同的是：$被转义了的)：

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echo "export PATH=/db/home/shenwei/local/app/blast/bin:\$PATH"

>> ~/.bashrc

让配置生效：

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source ~/.bashrc

到此，你就可以直接输入BLAST的子程序，如blastn进行比对了。试试输入blast-version ，看看是否如下显示：

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[shenwei@mu01

blast]$

blastn -version

blastn:

2.2.30+

Package:

blast 2.2.30,

build Dec 10 2013 14:41:40

——————————————– [ 休息一下，鼓励一下自己

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2. 配置本地BLAST库

当需要进行大量比对的时候，将BLAST数据库本地化能极大提高效率。

我存放库文件的目录为~/data/blast 。建立并编辑(如果还不会编辑，就复制到本地的一个文本文件ncbirc.txt，然后传到服务器，再改名mvncbirc.txt.ncbirc )NCBI

BLAST全局配置文件(在家目录)，内容如下：

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[shenwei@mu01

~]$

cat .ncbirc#

这是查看文件内容的命令，下面才是内容

; Start the section for BLAST configuration

[BLAST]

; Specifies the path where BLAST databases are installed

BLASTDB=/db/home/shenwei/data/blast

; Specifies the data sources to use for automatic resolution

; for sequence identifiers

DATA_LOADERS=blastdb

; Specifies the BLAST database to use resolve protein sequences

BLASTDB_PROT_DATA_LOADER=/db/home/shenwei/data/blast/nr

; Specifies the BLAST database to use resolve protein sequences

BLASTDB_NUCL_DATA_LOADER=/db/home/shenwei/data/blast/nt

BATCH_SIZE=10G

; Windowmasker settings

[WINDOW_MASKER]

WINDOW_MASKER_PATH=/db/home/shenwei/data/blast/windowmasker

; end of file

配置好后，后面选择库的时候就可以只输入名称(比如nr)，不用输入绝对路径了。