论文解读《ISGm1A：整合序列特征和基因组特征，提高对人类m1ARNA甲基化位点的预测》

​
目录

摘要

索引术语

一、介绍

二、方法

 A.数据集的构建

 B.特征表示

     1)序列特征

     2)基因组特征

 C.评价指标

三.结果和讨论

 A.通过交叉验证比较五种分类器

 B.独立测试中5个分类器的比较

 C.功能选择

 D.与其他方法的比较

 E.转录组范围内的m1a位点预测

四、结论

摘要

n1-甲基腺苷(m1A)作为一种新的表转录组学修饰，在基因表达调控中起着重要作用。虽然我们提出了一些计算方法来预测m1A修饰位点，但所有这些方法都应用了基于核苷酸序列特征的机器学习预测，它们错过了转录本拓扑和RNA二级结构的信息层。为了增强m1ARNA甲基化的预测模型，我们提出了一个计算框架ISGm1A，该框架代表整合序列特征和基因组特征，以提高对人类m1ARNA甲基化位点的预测。基于随机森林算法，ISGm1A利用传统的序列特征和75个基因组特征，提高了人类m1A位点的预测性能。五倍交叉验证和独立检验结果表明，ISGm1A的性能优于其他预测算法(AUC=分别为0.903和0.909)。此外，通过分析特征的重要性，我们发现基因组特征在位点预测中比序列特征更重要。此外，利用ISGm1A，我们通过预测转录组中的所有腺嘌呤位点，生成了一个高精度的m1A图谱。

该研究的数据和结果可在：https://github.com/lianliu09/m1a_prediction.git.

上免费获得

索引术语 外转录组，m1A，位点预测，序列特征，基因组特征。

一、介绍

RNA表观遗传修饰在RNA生命周期的各个阶段发挥着重要作用，这发生在所有类型的RNA中。目前，已经鉴定出170多种不同的RNA修饰。其中，n1-甲基腺苷(m1A)是一种新的表转录组修饰，即腺嘌呤第一位置的氮被甲基[1]修饰。芝加哥大学的研究通过m1ARNA甲基化测序和RIP测序技术全面分析了真核mRNA中m1A的甲基化，发现m1A化学修饰的存在可以显著提高转录本的蛋白翻译。进一步观察到m1A修饰在进化上是保守的并且普遍存在于人类，其对RNA表达的拓扑选择性和生物学机制表明，对RNA存在一层新的表观遗传调控层。总的来说，这些发现可能为RNA生物学[2]提供一个新的视角。利用m1A-MAP技术，一些研究确定了细胞核和线粒体RNA中m1A的甲基化位点。他们的结果表明，m1A的大部分甲基化修饰位点集中在mRNA转录本的5‘UTR中，符合“GUUCRA’”序列基序的m1A位点是由已知的甲基化酶复合物TRMT6/61A产生的。该研究还发现了线粒体编码转录本中的大量m1a甲基化修饰。与普遍存在的mRNA修饰m6A不同，m1A的丰度相对较低，而且它主要分布在mRNA的5‘UTR区域，特别是在转录本起始位点的第一和第二位置。mRNA转录本5‘UTR内的m1A可以促进蛋白的翻译，但在转录本编码区观察到的m1A可以导致翻译[3]的抑制。此外，一种RNA修复酶ALKBH1通过催化去甲基化反应[4]作为m1A擦除剂。最后但并非最不重要的是，m1A可以影响核糖体生物合成[5]，介导rRNA中的抗生素耐药性[6]，并介导tRNA[7]、[8]对环境应激的反应。

随着高通量测序技术的快速发展，miCLIP[9]、m1A-seq[10]、m1A-MAP[3]、m1A-IP-seq[11]等碱基分辨率技术可以在给定的细胞样本中以单碱基分辨率绘制m1A位点的精确位置。然而，由于技术的复杂性和碱基分辨率实验的高成本，它尚未被广泛应用于不同生物环境下的m1A表转录组的研究。然而