python读取nrrd数据并显示

最新推荐文章于 2024-05-02 15:43:42 发布
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分类专栏： python库
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1.python中opencv读取的彩色图片默认三通道[，维度为w,h,c]，类型uint8；读取的灰度图默认单通道，维度为[w,h]，类型uint8.

2.nrrd数据使用python库nrrd读取，得到[w,h,slice_num]的三维度tensor。第三维是灰度图的序号。数据类型为int16，此时无法使用opencv可视化。

3.使用pyplot：

plt.imshow(atlas1,cmap="gray",vmin=0,vmax=503)

#猜想，这里可以指定输入的atlas1中的最大和最小值分别为vmax与vmin，猜想是把[vmin,vmax]映射到[0,255]了

TensorFlowBoys
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医学影像图 2D、3D 展示
更上一层楼！
09-05 611
正常来讲，Python 对于医学影像图，更多的是读取相关特征信息，但有时也需要以图像形式进行展示，本文以此展开，简要描述下以 2D、3D 形式展示医学影像图。
matlab开发-nrrdformfilereader（nrrdformfilereader）
08-23
matlab开发-nrrdformfilereader（nrrdformfilereader）。NRRD文件阅读器
pynrrd:用于读取和写入nrrd文件的简单纯Python模块
05-17
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uint32_t与int区别与联系
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【Python影像组学】医疗图像格式转换—nrrd格式转为png格式
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chatgpt赋能Python-python_nrrd
test100t的博客
05-24 253
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医学图像笔记（二）nrrd数据格式
juluwangriyue的博客
09-14 8287
医学图像笔记（二）nrrd数据格式1、nrrd数据格式2、python读取nrrd数据 1、nrrd数据格式 灵活的NRRD格式中包含了一个单个的数据头文件和既能分开又能合并的图像文件。一个NRRD数据头能够为科学可视化和医学图像处理准确地表示N维度的栅格信息。“国家医学图像计算联盟”（NA-MIC）开发了一种用NRRD格式来表示“扩散加权图像”（DWI）和“扩散张量图像”（DTI）的方法。NRRD的“扩散加权图像”和“扩散张量图像”数据可以被解读为一个“3D切片机”，能够直观地确定张量图像的方向与神经解剖
医学影像中用 python 读取 nrrd 文件，nrrd转nii，以及遇到的一些问题和解决方法
Admiral_x的博客
03-27 7354
DICOM, NII, NRRD 格式的文件是医学影像中处理文件遇到的常用格式，但是关于这方面的内容比较少，我自己在处理图像的过程中遇到了相关的问题，但是没有找到和我直接一模一样的问题，也没有相关的解决方法，所以我在有了解决想法之后，决定将我的想法分享出来。
python nrrd图像转png
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医学影像中用 python 读取 nrrd 文件、nrrd转nii、nrrd转h5
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09-26 8509
用 python 读取 nrrd 文件一般使用 pynrrd 这个库 1 安装pynrrd pip 安装 pip install pynrrd 源码安装 pip install git+https://github.com/mhe/pynrrd.git cd pynrrd pip install . // 注意不要忘了最后的小点 2 读取 nrrd 文件 //先导入 nrrd 库 import nrrd data_path=r'你自己的 nrrd 文件路径’ data,options=nrrd...
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如何实现试用python实现文件的读取import sys,random import getpass filename = sys.argv[0] f=open(filename,'r',encoding='utf8') line_no=0 with open(filename,'r',encoding='utf8') as f: for line in f: line_no+=1 print(line_no,':',line) f.close()
matlab读取nrrd格式文件
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nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。 使用nibabel 由于使用nibabel图像会旋转90度，所以读取保存的时候还得保存映射信息，3维图像格式为（z, y, x） 读取nii.gz文件 img = nib.load('xxxxx.nii.gz') img_affine = img.affine img = img.get_data(...
matlab读取nrrd数据,并将该数据转换成nii格式并存储
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### 回答1： 首先，我们需要将nrrd文件读取到Matlab中。这可以通过调用nrrdread函数实现，该函数可以从nrrd文件中读取数据和元数据。 接下来，我们需要利用Matlab中的NIfTI工具箱将读取的nrrd数据转换为nii格式。这可以通过使用make_nii函数实现，该函数可以将读取的nrrd数据转换为nii格式，并创建一个NIfTI数据结构。 最后，我们需要将转换后的nii数据存储在硬盘上，以便将其用于后续的分析。这可以通过调用save_nii函数实现，该函数将nii数据保存为文件。 下面是一个简单的Matlab代码示例，演示如何读取nrrd数据并将其转换为nii格式： % 导入nrrd数据 [nrrd_data, metadata] = nrrdread('example.nrrd'); % 转换为nii格式 nii_struct = make_nii(nrrd_data, metadata.spacing, metadata.origin); % 保存为nii文件 save_nii(nii_struct, 'example.nii'); 通过运行这个代码示例，我们可以将名为"example.nrrd"的文件转换为"example.nii"文件，方便后续分析。 ### 回答2： MATLAB是一种常用的工具，为医学图像处理和分析提供了强大的支持。在读取nrrd数据的过程中，MATLAB提供了读取nrrd文件的函数nrrdread，可以将nrrd格式的数据读入MATLAB，并直接使用MATLAB对其进行分析和处理。 当读取nrrd数据后，我们可以使用MATLAB中的mat2niix函数，将nrrd文件转换为nii格式。该函数使用方法如下： ```matlab mat2niix('input_file.nrrd', 'output_file.nii') ``` 其中，input_file.nrrd表示要转换的nrrd文件的路径和文件名，output_file.nii表示转换后的nii文件的路径和文件名。 需要注意的是，转换后的nii文件格式可能与原始nrrd文件不完全相同，需要在进一步的分析过程中进行确认和调整。 除了使用MATLAB自带的函数，也可以使用一些第三方的工具箱来处理nrrd和nii格式的数据，如NITRC-CE, NiftyReg, ANTS等。 总之，MATLAB提供了方便和灵活的工具来处理医学图像数据，并支持多种数据格式的读取、处理和存储，可以在医学图像分析和研究中起到很大的作用。 ### 回答3： MATLAB是一种很强大的科学计算软件，它支持读取和处理多种数据格式，包括常见的NRRD和NIFTI格式。下面我们将介绍如何使用MATLAB读取NRRD数据并将其转换成NII格式。 首先，我们需要下载并安装一个开源的NRRD阅读器——nrrdread。可以在MATLAB应用商店中查找到此工具，并安装至MATLAB中。完成安装后，我们可以开始读取NRRD数据了。 读取NRRD数据的方法如下： ```matlab [data, meta] = nrrdread('yourfile.nrrd'); ``` 其中，'yourfile.nrrd'是待读取的文件名，data是数据矩阵，meta是元数据。 读取了数据后，我们需要将它转换成NII格式，可以使用MATLAB自带的nifti工具箱实现。将NRRD数据转换成NII格式的方法如下： ```matlab nii = make_nii(data, voxel_size, origin); save_nii(nii, 'yourfile.nii'); ``` 其中，voxel_size和origin是数据体素大小和原点信息，可以从元数据中获取得到。make_nii函数将数据和元数据转化为一个NII对象，而save_nii函数将NII对象保存为NII文件。 完成上述步骤后，我们就成功地将一个NRRD格式的数据转换成NII格式，并保存到本地了。这样，我们就可以使用MATLAB或其他支持NII格式的软件进一步处理和分析这些数据了。

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