python读取nrrd数据并显示

最新推荐文章于 2024-08-22 09:28:29 发布
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分类专栏： python库
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1.python中opencv读取的彩色图片默认三通道[，维度为w,h,c]，类型uint8；读取的灰度图默认单通道，维度为[w,h]，类型uint8.

2.nrrd数据使用python库nrrd读取，得到[w,h,slice_num]的三维度tensor。第三维是灰度图的序号。数据类型为int16，此时无法使用opencv可视化。

3.使用pyplot：

plt.imshow(atlas1,cmap="gray",vmin=0,vmax=503)

#猜想，这里可以指定输入的atlas1中的最大和最小值分别为vmax与vmin，猜想是把[vmin,vmax]映射到[0,255]了

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pynrrd:用于读取和写入nrrd文件的简单纯Python模块
05-17
pynrrd是一个纯Python模块，用于在numpy数组中读取和写入文件。 依存关系 该模块的唯一依赖项是 。 安装 通过pip和PyPi存储库安装（推荐） pip install pynrrd 通过pip和GitHub安装 pip install git+...
【Python影像组学】医疗图像格式转换—nrrd格式转为png格式
cxxx_1的博客
10-20 1687
医学图像格式转换
医学影像中用python 将NRRD批量转换成NIFTI
Alexa_的博客
08-24 742
为了解决这个问题，网上搜索了一些解决方案，并将两个代码进行了合并[1]，供使用，具体代码如下。之前自己有一个比较笨的方法，就是将NRRD图像导入到MITK软件中，然后再另存成NIFTI的数据。如果数据少，还可以接受。但是当数据比较多时，这种方法过于耗时耗力。3D slicer, MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像，但是我们还是习惯于操作NIFTI格式的数据，于是就有了NRRD转换成NIFTI的需求。链接：https://www.jianshu.com/p/6d2c83569bf8。
pynrrd 开源项目教程
最新发布
gitblog_01146的博客
08-22 343
pynrrd 开源项目教程 pynrrdSimple pure-python module for reading and writing nrrd files.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pynrrd 项目介绍 pynrrd 是一个用于读取和写入 NRRD 格式文件的 Python 库。NRRD（Nearly Raw Raster Data）是...
医学图像笔记（二）nrrd数据格式
juluwangriyue的博客
09-14 8726
医学图像笔记（二）nrrd数据格式1、nrrd数据格式2、python读取nrrd数据 1、nrrd数据格式 灵活的NRRD格式中包含了一个单个的数据头文件和既能分开又能合并的图像文件。一个NRRD数据头能够为科学可视化和医学图像处理准确地表示N维度的栅格信息。“国家医学图像计算联盟”（NA-MIC）开发了一种用NRRD格式来表示“扩散加权图像”（DWI）和“扩散张量图像”（DTI）的方法。NRRD的“扩散加权图像”和“扩散张量图像”数据可以被解读为一个“3D切片机”，能够直观地确定张量图像的方向与神经解剖
医学影像中用 python 读取 nrrd 文件、nrrd转nii、nrrd转h5
紫芝的博客
09-26 9039
用 python 读取 nrrd 文件一般使用 pynrrd 这个库 1 安装pynrrd pip 安装 pip install pynrrd 源码安装 pip install git+https://github.com/mhe/pynrrd.git cd pynrrd pip install . // 注意不要忘了最后的小点 2 读取 nrrd 文件 //先导入 nrrd 库 import nrrd data_path=r'你自己的 nrrd 文件路径’ data,options=nrrd...
医学影像中用 python 读取 nrrd 文件，nrrd转nii，以及遇到的一些问题和解决方法
Admiral_x的博客
03-27 7667
DICOM, NII, NRRD 格式的文件是医学影像中处理文件遇到的常用格式，但是关于这方面的内容比较少，我自己在处理图像的过程中遇到了相关的问题，但是没有找到和我直接一模一样的问题，也没有相关的解决方法，所以我在有了解决想法之后，决定将我的想法分享出来。
用python实现文件的读取
11-04
如何实现试用python实现文件的读取import sys,random import getpass filename = sys.argv[0] f=open(filename,'r',encoding='utf8') line_no=0 with open(filename,'r',encoding='utf8') as f: for line in f: ...
核心：用于读取和写入基因组数据的Python和C ++代码
02-06
Nucleus是一个Python和C ++代码库，旨在使您可以轻松读取，写入和分析常见基因组文件格式（如SAM和VCF）的数据。 此外，Nucleus支持与TensorFlow机器学习框架的轻松集成，因为在消耗或产生基因组文件的任何地方，都...
Matlab读取DCM文件保存为NII或者NPZ或者MAT
03-16
接下来，我们将讨论如何将读取的DCM图像数据转换并保存为不同的格式。 1. **保存为NII（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式**：NII是一种广泛用于神经影像学的数据格式，它支持包括MRI在内的...
3D数据转化-vtk转化为obj文件-程序
04-01
用于3D领域，将vtk数据转为obj格式，实现数据可视化。可用于地下水流模型输出，三维地质模型数据转化等
chatgpt赋能Python-python_nrrd
test100t的博客
05-24 280
本文由chatgpt生成，文章没有在chatgpt生成的基础上进行任何的修改。以上只是chatgpt能力的冰山一角。作为通用的Aigc大模型，只是展现它原本的实力。对于颠覆工作方式的ChatGPT，应该选择拥抱而不是抗拒，未来属于“会用”AI的人。🧡AI职场汇报智能办公文案写作效率提升教程 🧡专注于AI+职场+办公方向。下图是课程的整体大纲下图是AI职场汇报智能办公文案写作效率提升教程中用到的ai工具。
推荐项目：pynrrd
gitblog_00008的博客
03-12 415
推荐项目：pynrrd pynrrdSimple pure-python module for reading and writing nrrd files.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pynrrd 项目简介 pynrrd 是一个 Python 库，用于读取、创建和操作 NRRD (Networked Real-Time Rendering Da...
读取.nrrd和.dcm文件格式医学图片可视化与预处理
fcxgfdjy的博客
09-28 1563
MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像，在这个数据格式中包含：1、一个单个的数据头文件：为科学可视化和医学图像处理准确地表示N维度的栅格信息。2、既能分开又能合并的图像文件。nrrd_options输出{u’dimension’: 3, # 维度u’encoding’: ‘raw’, # 编码方式u’kinds’: [‘domain’, ‘domain’, ‘domain’], # 三个维度的类型u’sizes’: [30, 30, 30], #三个维度的大小。
python nrrd图像转png
lwf1881的博客
01-18 4063
最近在做医学图像相关的实践,数据集图像是dicom格式的,标注是nrrd格式的图像.为了方便后期的模型搭建和训练转一下格式.python读取nrrd格式的图像需要用到pynrrd库,使用pip就可以安装: pip install pynrrd 核心代码: import numpy as np import nrrd import os import cv2 def nrrd_to_png(nrrd_filename,save_path,patient_id): nrrd_filename = n
3D-Resnet-50 医学图像分类（二分类任务，需要mask）训练代码-图像格式为nrrd（附带验证代码）
dr_yingli的博客
12-13 3384
3D-Resnet-50 医学图像分类（二分类任务，需要mask）训练代码-图像格式为nrrd（附带验证代码）
nrrd格式用Python读取并保存为png图片
Michelexie的博客
10-02 9306
安装pynrrd pip install pynrrd pip install git+https://github.com/mhe/pynrrd.git cd pynrrd pip install . 如果报错了，则输入 python setup.py install 注意：如果是Mac系统，可能会报错，需要输入：sudo python setup.py install 试验 imp...
python医学图像读取,医学图像——数据读取和预处理
weixin_36082987的博客
03-26 2794
医学图像——数据读取和预处理医学图像——数据读取和预处理目录3D图像读取1、ITK-SNAP 软件2、python包读取(1)nii数据——SimpleITK(2)nrrd数据图形预处理1、归一化处理2、裁剪、旋转、翻转3D图像读取目的：获取array数据，转为tensor数据(1)nii数据——SimpleITKimport numpy as npimport osimport globimpo...
使用Pyradiomics提取图像影像组学特征
dr_yingli的博客
07-04 6667
使用Pyradiomics（Python）提取图像（.nrrd）影像组学特征 一、首先要安装Python和Pyradiomics 需要注意的的是Pyradiomics需要C++支持，Microsoft C++ 生成工具可以解决 直接安装pyradiomics，pip会自动安装其他pyradiomics所需的安装包 pip install pyradiomics 二、数据格式及数据储存格式 数据格式：图像使用的是.nrrd格式储存，每个受试者两个文件，一个是图像，一个是体素感兴趣区（VOI） 数据储存格式：
matlab读取nrrd数据,并将该数据转换成nii格式并存储
06-28
这可以通过使用make_nii函数实现，该函数可以将读取的nrrd数据转换为nii格式，并创建一个NIfTI数据结构。 最后，我们需要将转换后的nii数据存储在硬盘上，以便将其用于后续的分析。这可以通过调用save_nii函数实现...
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