trim_galore

trim_galore使用说明

基本用法

trim_galore [选项] <文件名(s)>

选项

• -h/--help
  打印此帮助信息并退出。

• -v/--version
  打印版本信息并退出。

• -q/--quality <INT>
  除了去除接头序列外，还从读取的低质量末端进行修剪。对于 RRBS 样本，质量修剪将首先执行，接头修剪则在第二轮进行。其他文件的质量和接头修剪将在单次通过中完成。算法与 BWA 使用的算法相同（从所有质量中减去 INT；计算从所有索引到序列末端的偏序和；在和最小的索引处剪切序列）。默认 Phred 分数：20。

• --phred33
  指示 Cutadapt 使用 ASCII+33 质量分数作为 Phred 分数（Sanger/Illumina 1.9+ 编码）进行质量修剪。默认：开启。

• --phred64
  指示 Cutadapt 使用 ASCII+64 质量分数作为 Phred 分数（Illumina 1.5 编码）进行质量修剪。

• --fastqc
  修剪完成后，以默认模式对 FastQ 文件运行 FastQC。

• --fastqc_args "<ARGS>"
  将额外参数传递给 FastQC。如果有多个参数需要传递给 FastQC，它们必须以 “arg1 arg2 etc.” 的形式给出。例如：--fastqc_args "--nogroup --outdir /home/". 传递额外参数将自动调用 FastQC，因此不需要单独指定 --fastqc。

• -a/--adapter <STRING>
  指定要修剪的接头序列。如果未明确指定，Trim Galore 将尝试自动检测是否使用了 Illumina 通用、Nextera 转座酶或 Illumina 小 RNA 接头序列。也可以参见 --illumina、--nextera 和 --small_rna。如果在第一个文件的前 100 万条序列中未检测到接头序列，或者在多个接头序列之间存在平局，Trim Galore 默认使用 --illumina（只要 Illumina 接头是选项之一，否则默认使用 --nextera）。单个碱基也可以指定为例如 -a A{10}，以扩展为 -a AAAAAAAAAA。

  在特殊请求下，也可以指定多个接头，例如：

  -a "AGCTCCCG -a TTTCATTATAT -a TTTATTCGGATTTAT"
  -a2 "AGCTAGCG -a TCTCTTATAT -a TTTCGGATTTAT"
  

  或者：

  -a "file:../multiple_adapters.fa"
  -a2 "file:../different_adapters.fa"
  

  可能与参数 -n 3 结合使用以修剪所有接头。请注意，标准修剪不需要此操作！更多信息请参见：https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/issues/86

• -a2/--adapter2 <STRING>
  可选的接头序列，用于修剪双端文件的读取 2。此选项需要同时指定 --paired。如果待修剪的库是小 RNA，则 a2 将自动设置为 Illumina 小 RNA 5’ 接头（GATCGTCGGACT）。单个碱基也可以指定为例如 -a2 A{10}，以扩展为 -a2 AAAAAAAAAA。

• --illumina
  要修剪的接头序列是 Illumina 通用接头 ‘AGATCGGAAGAGC’ 的前 13bp，而不是默认的接头序列自动检测。

• --stranded_illumina
  要修剪的接头序列是 Illumina 链特异性 mRNA 或总 RNA 接头 ‘ACTGTCTCTTATA’ 的前 13bp，而不是默认的接头序列自动检测。请注意，此序列类似于 Nextera 序列，但多了一个 A 尾。更多信息请参见：https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/issues/127 或 https://support.illumina.com/bulletins/2020/06/trimming-t-overhang-options-for-the-illumina-rna-library-prep-wo.html。此序列目前未包含在接头自动检测中。

• --nextera
  要修剪的接头序列是 Nextera 接头 ‘CTGTCTCTTATA’ 的前 12bp，而不是默认的接头序列自动检测。

• --small_rna
  要修剪的接头序列是 Illumina 小 RNA 3’ 接头 ‘TGGAATTCT