苹果+甲基化=切开不变色-CSDN博客

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2022年2月7日，凌恩生物客户中国农业科学院农产品加工研究所在《Frontiers in Nutrition》（IF=6.576）期刊正式发表题为“Multi-omics landscape of DNA methylation regulates browning in“Fuji ”apple”的研究论文。

本期我们邀请到论文一作王丽花老师为我们详细介绍了文章研究思路，以及如何通过DNA甲基化结合多组学测序揭示富士苹果褐变的机制。

研究背景

随着人们生活节奏的加快，鲜切果蔬因其方便、新鲜和营养等特点，消费量在全球范围内稳步增长。苹果作为鲜切水果重要的材料，褐变问题尤为严重，严重影响其商品价值。以往的研究认为多酚氧化酶（PPO）是苹果褐变的主要原因。本团队前期研究发现来自同一果园的北京昌平富士芽变品种‘片红型’和‘条红型’褐变有显著差异，‘片红型’苹果不易褐变，‘条红型’苹果易褐变。但‘片红型’和‘条红型’的褐变与PPO活性及总酚含量的变化不相关。使用DNA甲基化抑制剂5-氮杂胞苷（5'-Aza）处理易褐变的‘条红型’鲜切苹果，发现其褐变程度降低，这提示这两个富士芽变品种的褐变可能与DNA甲基化有关。DNA甲基化参与调控果实的生长发育、成熟和着色等多种生物学过程。

目前苹果甲基化相关的研究主要集中在果实生长发育、果皮着色和逆境胁迫等方面。目前还未有关于DNA甲基化调控鲜切果蔬酶促褐变的相关报道。因此，本研究通过DNA甲基化测序结合多组学揭示了富士苹果褐变的机制。

实验设计

对来自同一果园的北京昌平富士芽变品种‘片红型’和‘条红型’苹果的褐变指数（BI）、总DNA甲基化、DNA甲基化相关基因的表达量进行测定，进一步对苹果样品进行DNA甲基化、转录组分析、蛋白组学测序分析。

研究结果

1、鲜切富士苹果褐变与其DNA甲基化有关

通过对‘片红型’和‘条红型’苹果BI（图1A和B）、总甲基化水平（图1C）、DNA甲基化相关基因表达量（图1D）测定及这些指标的相关性分析发现鲜切富士苹果褐变与其DNA甲基化有关（图1E）。

图1 富士苹果褐变与DNA甲基化的关系

2、富士苹果DNA甲基化全局特征的描述

富士苹果DNA甲基化全局特征的分析表明甲基化的主要类型是CHH（图2A）, 甲基化主要分布在启动子（promoter）区域（图2C）。

图2 富士苹果DNA甲基化全局特征的描述

3、DNA甲基化结合多组学揭示富士苹果褐变的机制

为了进一步揭示富士苹果褐变的机制，本研究对富士苹果进行了转录组（图3）和蛋白组学（图4）分析。DNA甲基化结合转录学分析发现基因表达下调和基因甲基化上调的基因为NCA1和HOS1（图5D）。蛋白组学分析发现共有差异表达的蛋白为OMT1（甲基转移酶），transketolase和Glyco_hydro_18（图5E）。富士苹果褐变后NCA1基因甲基化水平显著升高（图5F），NCA1基因表达水平显著下降（图5F）。NCA1为过氧化氢酶（CAT）的分子伴侣，进一步测定CAT酶活发现褐变后CAT酶活水平显著下降（图5F）。因此，鲜切富士苹果DNA超甲基化加速了其褐变进程，褐变可能的机制为通过OMT1酶的作用促进了NCA1基因的甲基化，导致NCA1基因表达的抑制，从而降低了CAT酶的活性，最终导致‘条红型’苹果更快地褐变。