[数据分析]脑图像处理工具

已于 2024-07-18 16:24:24 修改
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分类专栏： 脑影像分析 文章标签： 图像处理 人工智能 机器学习 数据挖掘 数据分析 学习 笔记
于 2024-07-18 15:42:50 首次发布
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版权

###############ATTENTION！###############

非常需要注意软件适配的操作系统！有些仅适用于Linux，可以点进各自软件手册查看详情。

需要自行查看支持的影像模态。

代码库和软件我没有加以区分。

不是专门预处理的博客！！偏向于统计分析和可视化。后续可能会出预处理软件的博客。

目录

1. 数据分析工具

1.1. BrainFlow

1.2. BrainStorm

1.3. Braindecode

1.4. CANlab

1.5. Mindboggle

1.6. BrainX

1.7. Neurite

1.8. BRAINSTools

1.9. BrainStat

1.10. NeuroLib

1.11. BrainSpace

1.12. BrainIAK

1.13. CBIG

2. 可视化工具

2.1. BrainNet Viewer

2.2. BrainBox

2.3. NeuroMaps

2.4. ggseg

2.5. BrainPainter

2.6. BrainGlobe/BrainReg/BrainRender

1. 数据分析工具

1.1. BrainFlow

（1）支持影像：EEG, EMG, ECG and other kinds of data from biosensors

（2）获取

        ①官方网页：BrainFlow

        ②GitHub: GitHub - brainflow-dev/brainflow: BrainFlow is a library intended to obtain, parse and analyze EEG, EMG, ECG and other kinds of data from biosensors

（3）界面展示

1.2. BrainStorm

（1）支持影像：MEG, EEG, fNIRS, ECoG, depth electrodes and multiunit electrophysiology

（2）获取

        ①官方网页：简介 - 头脑风暴 (usc.edu)

        ②GitHub：GitHub - brainstorm-tools/brainstorm3: Brainstorm software: MEG, EEG, fNIRS, ECoG, sEEG and electrophysiology

（3）界面展示

1.3. Braindecode

（1）支持影像：EEG, ECoG and MEG

（2）获取

        ①官方网页：Braindecode — Braindecode 0.8 文档

        ②GitHub：GitHub - braindecode/braindecode: Deep learning software to decode EEG, ECG or MEG signals

（3）界面展示

1.4. CANlab

（1）支持影像和功能：对fMRI影像预定义特征，预定义包裹和图集，包含荟萃分析

（2）获取：

        ①GitHub：GitHub - canlab/Neuroimaging_Pattern_Masks：用于神经影像学数据分析的大脑特征模式、区域图谱和荟萃分析掩码。

        ②官方网站：CANlab神经影像学分析工具 - CANlab

（3）界面展示：

1.5. Mindboggle

（1）支持影像和功能：输出sMRI（T1 weighted MRI）的标签、特征和形状的体积、表面和表格数据

（2）获取：

        ①GitHub：GitHub - nipy/mindboggle：自动解剖学大脑标签/形状分析软件（+网站）

        ②官方网站：令人难以置信 (mindboggle.info)

（3）界面展示

1.6. BrainX

（1）支持影像和功能：MRI？Analysis？

（2）获取

        ①GitHub：GitHub - nipy/brainx：基于 NetworkX 的大脑成像衍生网络分析工具

1.7. Neurite

（1）支持影像和功能：T1/T2？（其实这个更像一个模型框架）

（2）获取：

        ①GitHub：GitHub - adalca/neurite：专注于医学图像分析的神经网络工具箱

        ②论文：Anatomical Priors in Convolutional Networks for Unsupervised Biomedical Segmentation (mit.edu)

（3）界面展示

1.8. BRAINSTools

（1）支持影像和功能：对MRI（不知道其他影像可不可以）的配准，校对，分割，重采样，统计，生成ROI

（2）获取

        ①GitHub：GitHub - BRAINSia/BRAINSTools：一套专注于大脑分析的医学图像处理工具

        ②官方网址：大脑 |一套专注于大脑分析的医学图像处理工具 (brainsia.github.io)

1.9. BrainStat

（1）功能：神经影像数据的统计分析和上下文解码

（2）获取

        ①GitHub：BrainStat - 搜索 (bing.com)

        ②文档：BrainStat ： 神经影像学数据统计分析工具箱 — BrainStat 0.4.2 文档

        ③论文：BrainStat：全脑统计和多模态特征关联的工具箱 - ScienceDirect

1.10. NeuroLib

（1）支持影像和功能：选取模型处理fMRI

（2）获取

        ①GitHub：GitHub - neurolib-dev/neurolib：为计算神经科学家🧠💻👩🏿 🔬提供简单的全脑建模

        ②文档：Neurolib (neurolib-dev.github.io)

        ③官方网址：A gentle introduction to neurolib | Not even odd (caglorithm.github.io)

（3）界面展示

1.11. BrainSpace

（1）支持影像和功能：MRI宏观梯度映射和分析，神经影像学和连接组水平数据

（2）获取

        ①GitHub：GitHub - MICA-MNI/BrainSpace：BrainSpace 是一个开放访问工具箱，可用于识别和分析神经影像学和连接组学数据集中的梯度 |在 Python 和 Matlab 中均可用 |

        ②文档：欢迎来到BrainSpace的文档！— BrainSpace 0.1.4 文档

        ③论文：BrainSpace：用于分析神经影像学和连接组学数据集中宏观梯度的工具箱 |通讯生物学 (nature.com)

（3）界面展示

1.12. BrainIAK

（1）支持影像和功能：对fMRI影像进行分类、降维、分类器优化、表征相似性分析、探照灯、基于种子的连通性、全相关矩阵分析、受试者间想关心、马尔可夫等

（2）获取

        ①GitHub：GitHub - brainiak/brainiak: Brain Imaging Analysis Kit

        ②文档：脑成像分析试剂盒 — brainiak 0.11 documentation

        ③官方网址：脑成像分析试剂盒 (brainiak.org)

（3）界面展示

1.13. CBIG

（1）支持影像和功能：对fMRI进行预处理、划分脑包裹、应用动力学模型、register、表型预测

（2）获取（Linux ONLY）

        ①GitHub：GitHub - ThomasYeoLab/CBIG

        ②官方网站：计算脑成像组 (google.com)

2. 可视化工具

2.1. BrainNet Viewer

（1）支持影像：MRI

（2）获取

        ①下载：NITRC：BrainNet Viewer：工具/资源信息

        ②论文：BrainNet Viewer：用于人脑连接组学的网络可视化工具 |PLOS 一号

（3）界面展示

2.2. BrainBox

（1）支持影像：MRI

（2）获取：

        ①官方网页：脑盒 (pasteur.fr)

        ②GitHub：GitHub - neuroanatomy/BrainBox：BrainBox 是一个 Web 应用程序，可让您实时协作地注释和分割 3D 脑成像数据。

（3）界面展示：

2.3. NeuroMaps

（1）支持影像：MRI

（2）获取

        ①GitHub：GitHub - netneurolab/neuromaps: A toolbox for comparing brain maps

        ②论文：神经图谱：脑图谱的结构和功能解释 |自然方法 (nature.com)

（3）界面展示

2.4. ggseg

（1）支持影像：MRI

（2）获取

        ①GitHub：GitHub - ggseg/ggseg：大脑图谱的绘图工具，在ggplot中

（3）界面展示

2.5. BrainPainter

（1）功能：大脑着色，可视化解剖器官，可视化大脑白质束，可视化大脑蛋白质，提供疾病扩散动画

（2）获取

        ①GitHub：GitHub - razvanmarinescu/brain-coloring: BrainPainter - Brain Visualisation Software

        ②论文：BrainPainter: A Software for the Visualisation of Brain Structures, Biomarkers and Associated Pathological Processes | Multimodal Brain Image Analysis and Mathematical Foundations of Computational Anatomy (acm.org)

        ③.ipynb：BrainPainter.ipynb - Colab (google.com)

（3）界面展示

2.6. BrainGlobe/BrainReg/BrainRender

（1）支持影像和功能：MRI的解剖渲染

（2）获取

        ①GitHub：脑球 ·GitHub上

        ②官方网页：BrainGlobe — BrainGlobe

（3）界面展示

夏莉莉iy
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在箱线图中，箱体的两端代表零模型分布的第一（25%）和第三（75%）四分位数，中心线（中位数）代表零模型分布的第二四分位数（n = 1,000旋转），线的延伸部分代表分布的非异常范围，而开放的圆圈代表异常值。其中一些图谱最初是在不再使用的坐标系统中定义的。例如，功能梯度与国家卫生研究院（NIH）的等距缩放在CIVET 41k空间中显著相关（r = 0.223，双侧Pspin = 0.049），但在fsLR 32k空间中的相关性不显著（r = 0.217，双侧Pspin = 0.097）（图5c）。
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