[代码复现]FBNETGEN: Task-aware GNN-based fMRI Analysis via Functional Brain Network Generation

仅提供ABIDE数据集复现步骤，很简单。代码已经很新了

目录

1. 论文资料

2. 代码复现步骤及可能存在的问题

2.1. 环境配置

2.2. 代码运行

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1. 论文资料

（1）论文原文：[2205.12465] FBNETGEN: Task-aware GNN-based fMRI Analysis via Functional Brain Network Generation (arxiv.org)

（2）论文代码：GitHub - Wayfear/FBNETGEN

（3）论文笔记：[论文精读]FBNETGEN: Task-aware GNN-based fMRI Analysis via Functional Brain Network Generation-CSDN博客

2. 代码复现步骤及可能存在的问题

2.1. 环境配置

（1）环境配置应该是属于很基础的了，应该没什么大问题，没有什么特别的包

（2）如果出现以下问题：

Traceback (most recent call last):
  File "F:\FBNETGEN-main\main.py", line 3, in <module>
    import yaml
ModuleNotFoundError: No module named 'yaml'

 这是因为代码要读取.yaml文件里的配置数据，安装yaml就好了：

pip install PyYAML

或

conda install -c anaconda pyyaml

2.2. 代码运行

（1）如果已经运行过他们家的代码有过他们的abide.py就直接拖到：

/YourPathToDataset/ABIDE_pcp/abide.npy

⭐我这里会报错：

但是实际上我有这个文件：

网上认为是格式不对，需要将上面一行改为：

YourPathToDataset/ABIDE_pcp/abide.npy

# 或

./YourPathToDataset/ABIDE_pcp/abide.npy

这段代码在setting/abide_fbnetgen.yaml中更改

（2）运行

        ①可以用README的方法：

python main.py --config_filename setting/abide_fbnetgen.yaml

        ②如果要在main.py直接run的话去main.py里面把

    parser.add_argument('--config_filename', default='setting/abide_fbnetgen.yaml', type=str,
                        help='Configuration filename for training the model.')
    parser.add_argument('--repeat_time', default=5, type=int)

改掉就好了（这里我已经改了default了因为我不用其他俩数据集）

        ③成功运行后，显示：

他们abide也做的性别分类吗？精度最高是0.76，但是平均也就0.7的样子

        ④和文中一样，运行500个epoch，然后run5轮停止。最后在代码根目录生成result：