写在前面
吐槽一番:
一般情况下,不是在万不得已,真心不想用R
,最让人望而却步的就是包的安装问题,动不动就出现版本不兼容问题,或者下载这个包A要依赖那个包B,包B依赖包C。。。这不是第一次遇到了。。。
但无奈的是,有时候看到一些文献中,提供的现成脚本已经集成了R包,想测试只能硬着头皮下,有种感觉是十次下载包,八次可能都要出点小问题。
不过,就是因为经常有安装问题,所以网搜会发现很多网友也遇到过类似的问题,但可能不完全一样,只能多找找结合起来解决自己下载时出现的问题。
另外,减少出现安装包的问题,可通过用Rstudio和annocoda下载安装包。笔者使用的Rstudio,但还是会出问题,这里是笔者在安装一个R包MethylCal
出现的问题及解决办法。
问题描述
根据github上的安装说明,安装MethylCal
:https://github.com/lb664/MethylCal
安装说明中,也指出安装该包需要一些依赖包
【1】先安装:INLA
install.packages("INLA", repos = c(getOption("repos"), INLA = "https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), dep = TRUE)
在Rstudio的命令行输入命令:
【2】然后执行如下命令:
install.packages("devtools") # 安装包:devtools
library(devtools) # 导入包 devtools
devtools::install_github("lb664/MethylCal", build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual")) # 安装 MethylCal
命令执行后,出现报错 Rtools is required to build R packages
。
解决过程
【1】安装INLA
由于直接执行了以上两个步骤的命令,发现安装INLA
已经出错了。(这里没仔细看,也忘了截图什么报错了),直接网搜了安装INLA方法:R语言INLA包最新安装方法,说是先下载另外一个包:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Rgraphviz")
在Rstudio的命令行上述命令,没用报错。但是执行安装INLA
命令,仍是不成功,根据命令的网址,手动下载压缩包(这里是地址)后解压到R安装包路径下,一般路径是在你下载R的目录\R\R-4.2.2\library\INLA
(我这里R是4.2.2版本),INLA_22.05.07.zip解压后就是INLA目录。
【2】安装Rtools
对于报错 Rtools is required to build R packages,网搜有很多。找到了一个安装Rtools的方法:参考这里的方法2。
- 找到Rtool安装包(.exe),下载后按提示安装即可。
【注意这里是要对应自己的R软件版本】
- 安装后在Rstudio命令行执行如下命令:(我是重启Rstudio后,直接执行下面两个命令)
执行后,我这里没有报错(庆幸…),返回rtools的下载路径:writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron") Sys.which("make") # 返回rtools的路径
- 重新执行命令:
MethylCal包说明中,安装INLA和devtools的命令则没有再执行。只执行了:
注:INLA上面已经手动下载,devtools安装命令行前面已执行。library(devtools) # 导入包 devtools devtools::install_github("lb664/MethylCal", build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual")) # 安装 MethylCal
上面在执行安装Rtools和INLA时,有多次尝试,主要是中间可能执行过其他命令,比如,install.packages("devtools")
,可能已经安装过这个包,又执行过一次,还手动在Rstudio的右侧尝试安装包,各自试。。。
结果就是终于把这个包MethylCal
安装成功了。。。
附:
在jupyter notebook中使用R:
用Rstudio命令行执行如下命令:
install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec()
附:
当遇到一些版本冲突的时一种解决办法:
示例rlang
相关报错:载入了名字空间‘rlang’ 1.0.6,但需要的是>= 1.1.0
(有可能不是版本的问题,可能BiocManager问题)
比如用Rstudio安装xxx
包时,出现了rlang版本报错。
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("xxx")
在安装包目录下(比如,mydir\\R-4.2.2\library
)找到rlang
目录,重命名为其他(比如rlang_bak
)或删除,重启Rstudio后重新执行上述命令进行安装,则没有再报错。