文章目录
文件格式文档SAM/VCF
sam: https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf
vcf: http://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.3.pdf
工具手册bwa/samtools
bwa使用:http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml
samtools使用:http://www.htslib.org/doc/samtools.html
samtools构建的索引.fai文件格式:https://www.htslib.org/doc/faidx.html
samtools Pileup结果格式:http://www.htslib.org/doc/samtools-mpileup.html (一篇详解博客)
基因组统计学wiki
https://genome.sph.umich.edu/wiki/Variant_Normalization
比如:变异校正(Variant Normalization)查询
sam flag值查询
sam flag值对应信息: https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html
序列反向互补
http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
使用命令上获取反向互补:
echo "${yourseq}" | tr a-z A-Z | tr ATCG TAGC | rev
TransVar 变异注释
在线工具:https://bioinformatics.mdanderson.org/transvar/
UCSC-blat在线比对
使用UCSC-blat进行序列比对:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat
UCSC工具:https://genome.ucsc.edu/goldenPath/releaseLog.html#hg19
常用数据库 NCBI/nsembl/HGNC
NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Ensembl:http://asia.ensembl.org/index.html
HGNC:https://www.genenames.org/about/guidelines/
论坛 biostars/SEQanswers
查询文献影响因子
https://www.pubmed.pro/home
假设检验查询
https://www.graphpad.com/quickcalcs/statratio1/
生信软件查询
错误矫正软件:https://omictools.com/error-correction-category
https://www.sanger.ac.uk/science/tools/#
https://mybiosoftware.com
比如,搜索MSIsensor:
MSIsensor软件说明,使用方法:
msisensor msi -d ${repate_site} -t ${tbam} -n ${nbam} -o ${outfile} -m 100 -w 100 -p 5
在线可视化工具Proksee
基因组组装、注释和可视化
https://proksee.ca
在线分析RNA-seq
在BioJupies平台在线分析RNA-seq数据
操作方法:https://mp.weixin.qq.com/s/v5grQFyxLbNvfIvI4TZqKQ
分析完成后,生成jupyter Notebook格式的结果: