FSL6.0.3/FSL6.0.4完整安装与FSLeyes、imcp、dcm2niix等Not Found修复(centos和ubuntu)

  这已经是笔者第三篇关于FSL的文章了，足以见其有多么难缠。用官网给的方法，不仅下载慢，而且失败的概率大于99%。所以笔者采用了这篇博客给出的办法，但是这个办法有一个bug，那就是安装完成之后，fsleyes、imcp、immv等缺失，即fsleyes not found，经过反复试验，最终笔者可以非常顺利的修复fsleyes等缺失的问题啦，现记录在此供大家参考。

  操作系统：ubuntu20.04/centos8/centos7
  使用工具：Anaconda3-2020.11-Linux
  待装软件：fsl6.0.3/fsl6.0.4（链接：https://pan.baidu.com/s/17jDl-JeUY5IFviu0eKVsfw 提取码：hcbr ）

  FSL简易安装：FSL5.0，安装容易，但版本老旧
  docker下完整安装FSL：FSL 6.0.3，部署容易，便于分享环境，但配置GUI麻烦
  Linux上单独安装FSL：FSL6.0.3/FSL6.0.4，离线安装，修复FSLeyes not found，无法分享环境
  VMware安装FSL等：FSL6.0.3/FSL6.0.4，离线安装，修复FSLeyes not found，并放在虚拟机上，便于分享环境

copyright ©意疏：https://blog.csdn.net/sinat_35907936/article/details/112969857

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Anaconda与虚拟环境（所有操作均在root下）

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  先切换到root用户，避免后面反复输密码，不过操作要小心，不要误删了东西。

su

• 获取最新版Anaconda3

 wget -c https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh

• 安装Anaconda3

bash $downloaddir/Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh
# $downloaddir 为你的下载路径

  长按enter，直到出现 [yes|no]，输入yes

  自定义安装路径，我喜欢放在/opt下：[/root/anaconda3] >>> /opt/anaconda3

  Do you wish the installer to initialize Anaconda3? 输入yes

  source一下使得 initialize生效

source ~/.bashrc

• 配置所有用户可用

   查看.bashrc文件，将如下所示的conda配置部分复制到/etc/bash.bashrc末尾 (ubuntu)或者 /etc/bashrc 末尾 (centos)。重启一下终端，那样所有用户就可以使用anaconda了。

vim ~/.bashrc

• 去掉恼人的base

conda deactivate
conda config --set auto_activate_base false

• 创建虚拟环境

   从FSL6.0.2之后，FSLeyes就独立于FSL了。如果你有观察过FSL文件中的FSLeyes，你会发现它装在一个miniconda创建的虚拟环境fslpython里。它要用到wxpython，numpy等我们非常熟悉的包。由于笔者用anaconda比较多，所以就用的它。
  root用户下创建虚拟环境，便于所有用户都可以用，其存于$AnacondaPATH/envs/目录下。

conda create -n fslpython python=3.8

copyright ©意疏：https://blog.csdn.net/sinat_35907936/article/details/112969857

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FSL与FSLeyes（所有操作均在root下)

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• 下载FSL

  下载fsl6.0.3或者fsl6.0.4，或者是前者大小的两倍。

• 安装FSL

  解压下载文件到你想要的安装目录，笔者依旧放在/opt下.

cp $downloaddir/fsl-6.0.3-centos6_64.tar.gz /opt
cd /opt
tar -xzvf /opt/fsl-6.0.3-centos6_64.tar.gz
# $downloaddir 为你的下载路径

  添加环境变量到/etc/bash.bashrc末尾 (ubuntu)或者 /etc/bashrc 末尾 (centos)，便于所有用户都可以使用。

  环境变量：

export FSLDIR=/opt/fsl
export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin
source $FSLDIR/etc/fslconf/fsl.sh

  重启终端，然后再键入fsl就可以使用fsl了，但是你会发现点击FSLeyes的时候，会出现/fsl/bin/fsleyes: not found的错，因为用上述方法下载的包，不包含fsleyes及其依赖的环境。 现在我们手动安装并修复它。

• 安装FSLeyes

  激活上面创建的虚拟环境

conda activate fslpython

  通过conda-forge安装FSLeyes

conda install -c conda-forge fsleyes

  安装完成之后，进入fsleyes所在目录，我的在 opt/anaconda3/envs/fslpython/bin/下，然后./fsleyes运行fsleyes，如果弹出如下界面，说明FSLeyes安装成功了。但GUI上还是不能用。

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修复FSL中的FSLeyes等(所有操作均在root下)

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  删除fsl的bin文件的fsleyes链接

rm /opt/fsl/bin/fsleyes

  建立新的软连接

ln -s /opt/anaconda3/envs/fslpython/bin/fsleyes /opt/fsl/bin/fsleyes

  查看软连接

ll /opt/fsl/bin/fsleyes
# lrwxrwxrwx 1 root root 41 1月  21 00:44 /opt/fsl/bin/fsleyes -> /opt/anaconda3/envs/fslpython/bin/fsleyes*

  再一次在终端键入fsl，然后再点击FSLeyes图标，FSLeyes就奇迹般的出现啦。

  但上述操作之后，还有些只在fslpython虚拟环境中的FSL命令可能也找不到，如imcp，immv，dcm2niix等，此时可以直接添加如下环境变量到/etc/bash.bashrc末尾 (ubuntu)或者 /etc/bashrc 末尾 (centos)，这样虚拟环境fslpython/bin下所有的命令都可以直接使用，而无需逐一建立软连接。（这种方法废弃了，直接改用下面批量建立软连接的方式）

export PATH=$PATH:/opt/anaconda3/envs/fslpython/bin

  注意：虚拟环境里面也有python，如果系统中已经安装过python，要注意区分使用。

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填坑——批量建立软连接

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  用把fslpython的bin文件直接添加环境变量的粗暴方式，可以解决imcp，immv，dcm2niix等命令的直接使用问题，但是在用GUI的时候就会遇到错误，比如/opt/fsl/bin/imcp not found、/opt/fsl/bin/immv not found等，这是因为GUI默认使用这些命令时，前面是加了fsl的bin路径的。解决方法就是用下面的脚本，粗暴的把fslpython/bin下的所有命令都软连接到/fsl/bin下。

touch softlink.sh

#! /bin/bash

for link in $(ls $1)
do
        echo $link
        ln -s $1/$link $2/$link
done

bash softlink.sh /opt/anaconda3/envs/fslpython/bin /opt/fsl/bin

蓝色的就是软连接

可以去掉与python相关的软连接，避免后面与base虚拟环境里的python冲突。如

rm *python*
rm *jupyter*
rm pip*

copyright ©意疏：https://blog.csdn.net/sinat_35907936/article/details/112969857

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参考

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https://blog.csdn.net/qq_41763734/article/details/104721471
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FSLeyes