R语言ggplot2绘图教程——Pathway富集分析气泡图

library(ggplot2)
pathway = read.table("C://Users//Desktop//path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")
# 画图
p = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))
p=p + geom_point()
# 改变点的大小
p=p + geom_point(aes(size=R0vsR3))
# 四维数据的展示
pbubble = p + geom_point(aes(size=R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue)))
# 自定义渐变颜色
pbubble =pbubble+ scale_colour_gradient(low="green",high="red")
# 绘制pathway富集散点图
pr = pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red") + 
  labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",
       x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")
# 改变图片的样式(主题)
pr=pr + theme_bw()
pr

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KEGG富集分析是一种常用的生物信息学分析方法,用于研究基因或蛋白质的功能和通路富集情况。在R语言中,可以使用Bioconductor中的包来进行KEGG富集分析,其中包括KEGGREST和clusterProfiler。 首先,你需要安装并加载这些包。可以使用下面的代码来完成这一步骤: install.packages("BiocManager") BiocManager::install("KEGGREST") BiocManager::install("clusterProfiler") library(KEGGREST) library(clusterProfiler) 接下来,你需要准备好你的基因列表,并使用KEGGREST包中的函数获取基因对应的KEGG通路信息。下面是一个示例代码,你可以根据你的需要进行修改: gene_list <- c("gene1", "gene2", "gene3") # 替换为你的基因列表 kegg_pathways <- keggGet("pathway", "hsa", "list") # 获取KEGG通路列表 gene_pathway <- enrichKEGG(gene = gene_list, organism = "hsa", pvalueCutoff = 0.05) # 进行KEGG富集分析 最后,你可以使用clusterProfiler包中的函数来可视化KEGG富集分析结果,比如绘制富集通路的柱状图、网络图等。以下是一个绘制柱状图的示例代码: barplot(gene_pathway, showCategory = 10) # 显示前10个富集通路 通过以上步骤,你就可以在R语言中进行KEGG富集分析了。请注意,根据你的具体需求,你可能还需要进行一些参数的调整和结果的解释。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [R语言clusProfiler进行GO与KEGG富集分析](https://blog.csdn.net/Joey_Liu666/article/details/124988292)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *3* [生信分析论文套路R语言代码](https://download.csdn.net/download/thtfhtfhvyyy/87244940)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]

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