CIRCOS教程翻译 1.1——helloworld

练习一下大名鼎鼎的circos，画图风头正劲，各种CNNS引用。话说是子江兄引进国内，但是从安装到调试，从语法到逻辑，真心说比较复杂，不过看到结果的话心理面就好受点。。。

这个博主不知道是算原创还是算翻译，不过由于大部分都是自己在做测试，顺便就算翻译吧。

karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt #核型文件，包括染色体具体信息和颜色配置，也可以是其他数据

<ideogram> #图像显示

<spacing> #染色体间距
default = 0.005r #r为circos其中一个单位，为画板半径
</spacing>

radius = 0.90r #核型图所占半径
thickness = 20p #p为像素，控制染色体宽度

fill = yes #填充染色体颜色
stroke_color = dgrey #染色体边框颜色
stroke_thickness = 2p #边框厚度

</ideogram>

<image> #画图
<<include etc/image.conf>> #配置文件包括：<<include image.generic.conf>>，<<include background.white.conf>>
</image>

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> #配置文件包括：<<include etc/colors.conf>>，<<include etc/fonts.conf>>，<<include etc/patterns.conf>>

<<include etc/housekeeping.conf>> #配置文件

文件命名为*.conf，运行方法为circos -conf *.conf或perl circos -conf *.conf

image.generic.conf 包括默认输出文件名，格式（svg，png），画板半径（1500p），角度偏差等

background.white.conf 默认画板为白色背景

colors_fonts_patterns.cof 包括的内容看名字就明白了吧

housekeeping.conf 管家基因？NO，类似于bashrc，设置各种环境变量，比如文件分隔符设置，预警信息报告等等