MRtrix3预处理及DTI CSD-说明

1. 初始化与目录设置

定义主目录路径和子目录路径。

• 使用命令行参数 $1 获取被试编号 subj。
• 构建 DWI 和解剖数据（T1）所在的文件夹路径。

2. 数据准备

将 anat 目录中的解剖学文件复制到 DWI 目录，确保后续分析所需文件集中。
切换到 DWI 工作目录。

3. 数据转换

将 AP 和 PA 扩散数据从 .nii.gz 转换为 MRtrix 的 .mif 格式，并应用 .bvec 和 .bval 文件。

4. 掩膜创建

基于 AP 扩散数据生成初始掩膜，并膨胀3次，以捕获更多区域。

5. 数据去噪

使用掩膜对 AP 数据进行去噪，生成降噪数据和噪声水平。

6. 校正 Gibbs 环伪影

修正 Gibbs 环伪影，减少数据中由于傅里叶重建造成的假信号。

7. 运动与畸变校正

提取 AP 和 PA 的 b0 图像，并拼接。
使用 dwifslpreproc 校正运动与畸变，同时处理正反向相位编码。

8. 偏置场校正

使用 ANTs 进行偏置场校正，消除图像信号强度的不均匀性。

9. 与 T1 图像配准

提取校正后的 b0 图像，与