MRtrix3安装报错2则：Checking for Qt: ERROR: error linking Qt application!

服了，mrtrix3官网现在只推荐了conda安装这种方法，但是conda安装我一直报错，报错代码如下：

Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Collecting package metadata (repodata.json): done

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels: - mrtrix3

查了一下，应该是安装的fsl和conda的包之间有冲突了，conda选择了冻结

反正很难解决，我换源，加channel什么的都试了，都没办法解决，我还是太菜了

于是去github看了一下，发现很多人在提这个bug，现在还没有一个ubuntu下很好的解决方案（果断放弃）

于是我选择源码编译的方法重新安装MRtrix3，但是官网目前找不到了，还好旧教程还在

MRtrix3在ubuntu20.04下的安装及可能遇到的坑_ubuntu mrtrix3 安装 conda-CSDN博客

参考这个步骤，如果你很顺畅的跑下来了，那么祝贺你下面不用看了

源码编译报错：Checking for Qt: 
ERROR: error linking Qt application!

configure.log文件

EXEC <<
CMD: g++ -Wl,--sort-common,--as-needed -pthread -L/usr/local/lib -lz qt_moc.o qt.o -o qt /usr/local/fsl/lib/libQt5OpenGL.so /usr/local/fsl/lib/libQt5Svg.so /usr/local/fsl/lib/libQt5Widgets.so /usr/local/fsl/lib/libQt5Gui.so /usr/local/fsl/lib/libQt5Network.so /usr/local/fsl/lib/libQt5Core.so -L/usr/lib64 -lGL -lpthread
EXIT: 1
STDERR:
/usr/local/fsl/bin/../lib/gcc/x86_64-conda-linux-gnu/11.3.0/../../../../x86_64-conda-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lGL: No such file or directory
collect2: error: ld returned 1 exit status

当时看到一篇博文遇到一样的问题，可是怎么解决说的语焉不详，试了一下直接终端

export PATH=/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/snap/bin

然后再  ./configure，不行还是不能编译

直到我在另一篇安装MRtrix3下面看到评论说用这个

export PATH=/usr/bin:/bin

成功！评论区出神人耶！

Ubuntu20.04下MRtrix3, Freesurfer, FSL的安装_参考ubuntu20.04下mrtrix3, freesurfer, fsl的安装_yoyoxuel-CSDN博客

最后输入mrconvert测试一下，如果不行，那可能是你忘记设置环境变量了

在mrtrix3路径下

./set_path