gromacs溶菌酶-初学-模拟流程记录

研0老师想开一个新方向，但是不怎么了解分子模拟，所以只能艰难摸索，为了防止之后忘记，于是就将练习过程，遇到的问题以及解决办法都记下来。

获取蛋白pdb文件：

直接百度pdb，进入数据库，搜索1AKI即可，在页面右上角download files下选择PDB Format（我是win10）

去除结晶水：

这一步我是直接在txt文档中打开1AKI的pdb文件，删除文件中所有HOH残基所在行

建立拓扑结构:

gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce

输入15，回车，得到如下显示。

检查拓扑文件：

这个按照官网给的教程看就好。

定义盒子：

gmx editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic

填充溶剂：

gmx solvate -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top

添加离子：

gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

关于ions.mdp文件，来自官网可自行搜索，有空我再贴上来

gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral

选择group13，回车

能量最小化：

gmx grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr

minim.mdp也可从官网自行下载

gmx mdrun -v -deffnm em

能量分析（能量最小化后导出xvg可以作图）：

gmx energy -f em.edr -o potential.xvg

输入10 0，回车（输入0是选择结束的意思，不然输入10，然后再按一次回车也行）

nvt平衡：

gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr

nvt.mdp同样可以去官网下

gmx mdrun -deffnm nvt -v

这一步人家都只要十几秒，我十几分钟(′д｀ )…彡…彡

温度变化情况：

gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg

输入16 0，回车

npt平衡：

gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr

npt.mdp 同样官网有

gmx mdrun -deffnm npt -v

这一步我依旧是十多分钟。。

压力变化分析：

gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg

输入18 0，回车

密度变化分析：

gmx energy -f npt.edr -o density.xvg

输入24 0，回车

md平衡：

gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr

md.mdp同样是官网

gmx mdrun -deffnm md_0_1 -v

这个更是夸张，跑了两个多小时，人家十多分钟就好了，我的电脑真的带不动啊555555

轨迹修正：

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -center

先选择1，回车

再选择0，回车

RMSD分析：

gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns

选择4，回车

再选择一次4，回车

晶体结构的RMSD获取：

gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd_xtal.xvg -tu ns

接下来的操作同上，都是选择两次4

回旋半径（Rg）分析：

gmx gyrate -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o gyrate.xvg

选择1，回车

ok，如果你已经做到了这里，那就差不多了，接下来就是分析数据，也可以用VMD看看轨迹。

数据分析就不说了，因为我也不懂，还得去学习一下。

使用VMD可视化轨迹：

打开VMD，直接将模拟完的文件（md_0_1.gro）拖入VMD显示界面

接着去删掉第0帧

鼠标点击一下选中后，右键选中delete frames，出现如下界面

可以将last改成1，接着按delete选项（也可以什么都不做，这个界面出来直接按delete），无论是哪种方法，最后都会发现frames变成0了

接着导入轨迹修正后的xtc文件（md_0_1_noPBC.xtc），依旧是选中后右键，然后选择load data into molecule

将会出现如下界面

选择修正后的轨迹文件，软件会自动识别出以下信息。

左下角选择load all at once，最后点击load。

ps：此时需要注意，文件路径中不能有中文（上层文件名也不能有中文，不然识别不出来，会出现：unable to load molecule的报错）

load之后点击下图所示的按钮即可观察轨迹，速度太快可以通过speed的滑块调整速度。

之后有空的话再记录一下gromacs中的其他几个教程，今天先到这吧(＿＿*)Ｚｚｚ