研0老师想开一个新方向,但是不怎么了解分子模拟,所以只能艰难摸索,为了防止之后忘记,于是就将练习过程,遇到的问题以及解决办法都记下来。
获取蛋白pdb文件:
直接百度pdb,进入数据库,搜索1AKI即可,在页面右上角download files下选择PDB Format(我是win10)
去除结晶水:
这一步我是直接在txt文档中打开1AKI的pdb文件,删除文件中所有HOH残基所在行
建立拓扑结构:
gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce
输入15,回车,得到如下显示。
检查拓扑文件:
这个按照官网给的教程看就好。
定义盒子:
gmx editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
填充溶剂:
gmx solvate -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top
添加离子:
gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
关于ions.mdp文件,来自官网可自行搜索,有空我再贴上来
gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
选择group13,回车
能量最小化:
gmx grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
minim.mdp也可从官网自行下载
gmx mdrun -v -deffnm em
能量分析(能量最小化后导出xvg可以作图):
gmx energy -f em.edr -o potential.xvg
输入10 0,回车(输入0是选择结束的意思,不然输入10,然后再按一次回车也行)
nvt平衡:
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
nvt.mdp同样可以去官网下
gmx mdrun -deffnm nvt -v
这一步人家都只要十几秒,我十几分钟(′д` )…彡…彡
温度变化情况:
gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg
输入16 0,回车
npt平衡:
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr
npt.mdp 同样官网有
gmx mdrun -deffnm npt -v
这一步我依旧是十多分钟。。
压力变化分析:
gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg
输入18 0,回车
密度变化分析:
gmx energy -f npt.edr -o density.xvg
输入24 0,回车
md平衡:
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr
md.mdp同样是官网
gmx mdrun -deffnm md_0_1 -v
这个更是夸张,跑了两个多小时,人家十多分钟就好了,我的电脑真的带不动啊555555
轨迹修正:
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -center
先选择1,回车
再选择0,回车
RMSD分析:
gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns
选择4,回车
再选择一次4,回车
晶体结构的RMSD获取:
gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd_xtal.xvg -tu ns
接下来的操作同上,都是选择两次4
回旋半径(Rg)分析:
gmx gyrate -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o gyrate.xvg
选择1,回车
ok,如果你已经做到了这里,那就差不多了,接下来就是分析数据,也可以用VMD看看轨迹。
数据分析就不说了,因为我也不懂,还得去学习一下。
使用VMD可视化轨迹:
打开VMD,直接将模拟完的文件(md_0_1.gro)拖入VMD显示界面
接着去删掉第0帧
鼠标点击一下选中后,右键选中delete frames,出现如下界面
可以将last改成1,接着按delete选项(也可以什么都不做,这个界面出来直接按delete),无论是哪种方法,最后都会发现frames变成0了
接着导入轨迹修正后的xtc文件(md_0_1_noPBC.xtc),依旧是选中后右键,然后选择load data into molecule
将会出现如下界面
选择修正后的轨迹文件,软件会自动识别出以下信息。
左下角选择load all at once,最后点击load。
ps:此时需要注意,文件路径中不能有中文(上层文件名也不能有中文,不然识别不出来,会出现:unable to load molecule的报错)
load之后点击下图所示的按钮即可观察轨迹,速度太快可以通过speed的滑块调整速度。
之后有空的话再记录一下gromacs中的其他几个教程,今天先到这吧(__*)Zzz