Ubuntu20.04安装共线性分析软件MCScanX

MCScanX需要在jdk和libpng的环境下运行，而libpng又需要zlib，故在安装MCScanX前我们还需要下载zlib、libpng、jdk

一、下载安装包

安装包下载（百度网盘）：https://pan.baidu.com/s/13CP8eLZSbOl70a93SkWymQ?pwd=pb6t 
提取码：pb6t

或官网下载

Zlib

http://www.zlib.net/

 libpng

https://sourceforge.net/projects/libpng/files/

MCScanX--github

https://github.com/wyp1125/MCScanX?tab=readme-ov-file

若无法访问

Windows系统打开cmd

ping github.com

打开C:\Windows\System32\drivers\etc路径找到hosts文件，右键用记事本打开，在最下面的空行粘贴ip地址，并加上github域名（ip和域名之间有空格）

保存

若无法保存，显示需管理员权限

在Windows搜索栏中输入“记事本”，右击“记事本”，选择“以管理员身份运行”

二、安装

1.安装依赖环境

conda activate base
sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt install ncbi-blast+
makeblastdb

2. 解压缩

tar -zxvf zlib-1.3.1.tar.xz
tar -zxvf libpng-1.6.37.tar.gz
unzip MCScanX-master.zip

3. Zlib 安装

cd zlib-1.3.1 
./configure
make
make install

若报错

尝试 

sudo make install

成功 

4. libnpg 安装

cd
cd libpng-1.6.37 
./configure
make
sudo make install

5. MCScanX 安装

cd
cd MCScanX-master 
vim msa.h
#1.在开头添加#include <unistd.h> 2.：wq保存退出
make

echo 'PATH=$PATH:~/MCScanX-master/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
MCScanX

 

 参考

 MCScanX安装与使用

MCScanX ‖ 安装、报错解决方法及简单使用

GitHub打不开的解决方案（超简单）