Ubuntu20.04安装orthofinder

一、conda安装 

conda install -n orthofinder -c bioconda orthofinder=2.5.4

显示安装失败，但安装上2.53版本 

conda create -n orthofinder orthofinder=2.5.4

安装成功 #按理说一步就能安装成功，但不知道为什么中间出错了

二、下载解压缩安装

1.从github下载

https://github.com/davidemms/OrthoFinder/releases

• 如果安装了 python 以及 numpy 和 scipy 库，下载OrthoFinder_source.tar.gz。
• 如果没有，下载更大的捆绑包OrthoFinder.tar.gz。
• 有时候网址打不开，后附安装包（除了orthofinder，还有diamond、mcl、fastme）

 链接：https://pan.baidu.com/s/1cV1nyeCKvxUwPWiLMNY5vw?pwd=ulg4 
提取码：ulg4

2.在终端中，cd到下载软件包的位置

3.提取文件

tar xzf OrthoFinder_source.tar.gz

或者

tar xzf OrthoFinder.tar.gz

 4.测试运行

python OrthoFinder_source/orthofinder.py -h

或者

./OrthoFinder/orthofinder -h

5.创建环境变量

conda create orthofinder

激活环境 

conda activate orthofinder

6.运行 

# ExampleData/ 替换为包含输入 fasta 文件的目录，每个物种一个文件

orthofinder -f ExampleData/