数据质控软件Raspberry的安装与使用

 

 

 

• 安装

        按github上的官方安装说法，cmake时总是出错，实在是不知道哪里有问题，在脑子不清醒的状态下竟然一不小心  装好了，以下是具体步骤

1.  wget https://github.com/CEG-ICRISAT/Raspberry/archive/master.zip
2. unzip master.zip
3. cd /Raspberry-master/include/judy-1.0.5 
4. ./configure prefix=/Raspberry-master/
5. make 
6. make install 

 

• 使用： raspberry SRR5074093_1.fastq >output 只有两个参数一个 -p 默认是33代表33质量体系，-t是线程数，注意不要太大超过你的内存，好像一个t是150M

         这里多说一句质量体系的问题：

我的数据有0所以是33质量体系，-p 33这里默认也是33质量体系。

•  结果： 以下是生成的output文件
• File name : aaa.fastq
  Total bases : 200653712
  Total reads : 1385895
  % bases >=Q20 : 95.600
  % bases >=Q30 : 86.443
  Average read length : 144.783
  Read length range : 35 .. 151
  Quality range : 35 .. 73
  Phred range : 2 .. 40
  Offset : 33
  A : 35441524
  T : 35281836
  G : 65134105
  C : 64758854
  N : 37393
  percent G-C content : 64.735