如何用Linux从NCBI批量下载数据

https://hk.saowen.com/a/83427d3adb55f026875b2643c9398d2afceaa7d6e0f66901a0c18b52313643de

举个栗子: 我要下载PRJNA355614bioproject编号的SRA数据，

Linux系统下，已有Entrez Direct以及SRA toolkit ，

下载完toolkit后有一点要注意，下载文件的缓存会放在home目录下很快就满了，这时候你要在home下建立一个 .ncbi/user-settings.mkfg

echo '/repository/user/main/public/root = "[sra_path]"' > $HOME/.ncbi/user-settings.mkfg

$ esearch -db sra -query PRJNA355614  | efetch -format runinfo > runinfo.csv 

##less -NS 可以查看 很多列数据

$ cat runinfo.csv | cut -f 1 -d ',' | grep SRR  > sraids.txt

##wc -l 查看文件中个数是不是符合你要下载的个数

$ cat sraids.txt | awk ' { print "fastq-dump --split-files -O sra " $1 } ' > get-data.sh

##对每个SRR进行循环输出脚本

$ nohup sh get-data.sh