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转座子挖掘
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转座子插入位点分析4------PS转座子测序数据分析
可以看到,所有序列都存在一个“GTGTCAAATACTTATTTTCCCCGCTGTA”的前导序列,这可能是接头序列之类的,我们使用cutadapt工具将其去除。(注意:在使用samtools对bam文件进行索引之前必须对bam文件进行排序,否则会报错)不行,还是太大了,文件超过了三千万行,远超过了excel的处理能力,寻找其他方法进行统计。这是经公司使用fastp质控后的数据,我们先挑选部分数据进行比对,观察序列结构。所有数据的该序列都被去除,我们再来比对一下,看看是否存在还需要修剪的序列。原创 2024-03-24 22:51:17 · 601 阅读 · 0 评论 -
转座子插入序列分析2-自制分析流程
我们先观察一下测序的结果,是否有一些什么规律,因为使用的靶向富集法的测序,我们使用了特殊序列将插入了转座子的部分钓了出来,然后进行的测序,所以理论上富集到的所有序列都应该存在一段与我们钓鱼序列互补的“靶点序列”。我们可以看到,蓝色部分三个TTT前面的序列几乎相同,这是最典型的插入位点的特征,占所有插入位点特征的60%。原创 2024-03-22 01:17:32 · 334 阅读 · 0 评论 -
转座子插入序列分析1-GENE-IS分析管道
如果你使用 GENE-IS: Saira Afzal et al。,2016请引用这篇研究文章。GENE-IS 是从临床和临床前基因治疗研究的下一代测序数据中提取整合位点的管道。它是专门为了接受来自不同方案如 LAM (线性扩增介导) PCR 和靶向测序(SureSelect/AGILENT)方法的测序读数而设计的。原创 2024-03-19 18:14:22 · 869 阅读 · 0 评论