气泡图代码（可用于GO富集分析等多维度绘制的数据）（有详细注释）

一、数据准备
以GO富集分析为例，绘制气泡图
数据准备清参照之前的做富集分析的帖子，当然其他数据也可以处理成这样的格式来绘图
二、上代码
2.1 载入需要的r包

#载入R包
#首次载入须先下载安装
#BiocManager::install("ggplot2")
#BiocManager::install("openxlsx")
library(ggplot2)#这个是一个非常厉害的绘图R包
library(openxlsx)#这个包是用来导入格式为XLSX的数据的

2.2 在如需要绘图的数据

goinput <- read.xlsx("GO.xlsx")#载入GO富集分析的结果文件

2.3 设置XY轴

x=goinput$Ratio#设置以哪个数据为X轴
y=factor(goinput$name,levels = goinput$name)#设置Y轴

2.4 绘制画布

p = ggplot(goinput,aes(x,y))#开始以X轴和Y轴绘制画布
p#这里可以查看一下绘制的程度了，学代码时多看看每个新的对象有助于理解代码

2.5 开始绘图

#绘图，大概的意思是，又设置了除XY轴数据（Ratio，GOterm）之后又设置了三个维度的数据。
#三个数据分别是以count为点的大小，以颜色的由嫩绿到深粉红代表P值的对数值，以点的性状代表GO类型（MF,CC,BP）
p1 = p + geom_point(aes(size=Count,color=-0.5*log(PValue),shape=Category,))+
  scale_color_gradient(low = "SpringGreen", high = "DeepPink")
p1

2.6 添加标签

#添加各类标签
p2 = p1 + labs(color=expression(-log[10](pvalue)),
               size="Count",
               x="Ratio",
               y="Go_term",
               title="Go enrichment of test Genes")
p2

2.7 图片美化-去除背景

#添加各类标签
p2 = p1 + labs(color=expression(-log[10](pvalue)),
               size="Count",
               x="Ratio",
               y="Go_term",
               title="Go enrichment of test Genes")
p2

结果展示