第一步:进入DAVID网站后先择start analysis。
第二步:
1.选择upload
2.在框框里粘贴要分析的目的基因集(也可以在下面以文件的形式上传)
3.在Step 2:Select Identifier中选择与你上传的基因集的格式
4.在Step 3:List Type中点第一个(就是要富集分析的基因集,第二个是支持自己上传背景基因集)
5.在step4:Submit List中点击Submit List
这里我用的是猪的基因数据,当提交的基因集中能够注释到的基因不足80%时,就会跳出这个界面,提示你可以转换一下基因ID,推荐继续进行分析。在For species中选择对应的物种。然后点击Continue to submit the IDs That DAVID Cloud Map.
跟着箭头继续点点点。
选择要富集分析的项目,这里我选择GO的三大富集项目:BP、CC和MF
点击项目旁的chart可以对每个项目进行单独分析。
这里可以选择你的富集阈值,如果富集的数目过少可以放宽一点。点击旁边的Downlad File。
出来富集到的条目的详细信息,这里需要注意复制到记事本中保存,直接复制到Excel会比较难分列,或者用浏览器菜单中的网页另存为功能另存为txt格式导出即可。
DAVID的KEGG和GO富集分析均可用这个流程。