monocle2:orderCells函数使用问题及解决方案

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如果您使用的R是4.2版本,在耗费了好多时间将monocle2 安装成功,运行后发现报错了。

cds <- orderCells(cds)Error in if (class(projection) != "matrix") projection <- as.matrix(projection) :   the condition has length > 1

二、问题解决

解决问题的方法就是从源码开始。

大部分人搜索得到的解决方法是这样:

 然而实际上我在修改保存后导入遇到的问题又够我喝一壶的。。。。。所以去Github上学习一下大佬朴实无华的解决方案:

 。

总结:

①出现Error in if (class(projection) != "matrix") projection <- as.matrix(projection) : the condition has length > 1问题后,直接运行:

trace('project2MST', edit = T, where = asNamespace("monocle"))

②在弹出的窗口找到

if (elass(projection) != "matrix")
projection <- as.matrix(projection) 

③删除以上语句并保存

④继续愉快科研!!!!

要安装monocle2,您可以按照以下步骤进行操作: 1. 首先,检查一下可用的monocle版本,可以使用以下命令:conda search monocle 2. 创建一个新的conda环境,可以使用以下命令:conda create -n monocle2 3. 激活monocle2环境,可以使用以下命令:conda activate monocle2 4. 安装monocle 2.18.0版本,可以使用以下命令:conda install bioconductor-monocle==2.18.0 5. 在R中加载monocle库,可以使用以下命令:library(monocle,lib.loc="刚刚创建的monocle2环境所在路径/lib/R/library") 如果您之前没有创建conda环境,可以按照上述步骤创建一个新的环境并安装monocle2。\[1\] 希望这可以帮助您安装monocle2!如果您有任何其他问题,请随时提问。 #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [linux安装轨迹分析所需R包monocle2monocle3的方法](https://blog.csdn.net/x_yAOTU/article/details/126071592)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insert_down28v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *3* [Monocle操作笔记-1:软件安装](https://blog.csdn.net/flashan_shensanceng/article/details/121402718)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insert_down28v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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