搭建本地inter pro scan

最新推荐文章于 2023-06-22 10:51:23 发布
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分类专栏： bioinformatics 文章标签： database
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本文链接：https://blog.csdn.net/tmjdone/article/details/6891178
版权

source: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/Installing_InterProScan.txt


Download the following files from ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan :

 * RELEASE/latest/iprscan_v4.8.tar.gz  - InterProScan itself
 * BIN/4.x/iprscan_bin4.x_[PLATFORM].tar.gz - Binaries for the various platforms
 * DATA/iprscan_DATA_[LATESTDATAVERSION].tar.gz - databases used by InterProScan (except Panther)
 * DATA/iprscan_PTHR_DATA_[LATESTDATAVERSION].tar.gz - panther database and indexes
 * DATA/iprscan_MATCH_DATA_[LATESTDATAVERSION].tar.gz - match_complete.xml and interpro.xml files

tmjdone
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基因注释 InterProScan的三种使用方法
alnx37271的博客
03-26 3444
InterProScan的三种使用方法 Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能。是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余数据库。Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库，并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释。以下介绍3中interpro注释的方法： 一、网页版的Interpro注释 打开I...
一个用interproscan做基因注释的简易教程
weixin_34194551的博客
08-01 4957
官网地址： http://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html github使用手册地址： https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki 1.下载、解压、安装 下载链接： nohup wget ftp://ftp....
InterProScan本地化安装、配置、使用（含批量操作）
weixin_58269397的博客
03-30 2794
interproscan 是个基因注释工具，可以一次运行实现多个数据库的注释。用户既可以提交蛋白序列也可以提交核酸序列，还可以对输出格式进行设置。优点：使用本地化的数据库，在断网和计算机资源充足的情况下，能加快注释速度；本地化网页版能同时比对多条序列；本地化能对DNA序列进行interpro注释。缺点：本地化安装InterProScan比较复杂耗时；需要不时更新本地数据库；本地化运行耗费计算资源大。
interproscan安装及详细设置
高锦的博客
08-01 5641
interproscan
InterProScan安装
Maiya19724的博客
12-31 1902
InterPro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库， InterPro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam、PRINTS、ProSitePatterns、 ProSiteProfiles、 SMART、 SUPERFAMILY、 TIGRFAM、 ProDom、 PIR 数据库。采用 InterProScan 软件可以对新蛋白质序列通过序列比对或者 HMM 算法等搜索与 InterPro 蛋白质特征序列匹配预测蛋白质各种结构功能域、信号肽、跨膜特征、蛋白质螺旋结构
pfamscan 的使用_科学网—[转载]InterProScan的使用教程 - 黄顺谋的博文
weixin_39725844的博客
12-20 633
InterPro是一个数据库，其提供蛋白序列的功能分析并归纳为一个个蛋白家族，同时还预测了presence of domains和important sites。为了将蛋白分类，InterPro使用先验模型，整合了不同的数据库形成一个整体而InterProScan则是一款可以使用InterPro数据库的软件(more information about InterProScan)至于Why is ...
interprotscan安装与调试
最新发布
Kun_98的博客
06-22 534
interprotscan安装
Mac OS X iwi3945 inter pro wireless 3945 网卡驱动
12-08
Mac OS X iwi3945 inter pro wireless 3945 网卡驱动
Inter:Inter 字体家族-开源
07-17
Inter 是一种为电脑屏幕精心制作和设计的字体。 Inter 具有高 x 高度以帮助提高大小写混合文本的可读性。 还提供了一些 OpenType 功能，例如根据周围字形的形状调整标点符号的上下文替代，当您需要从“o”中消除“0...
ArchVizPRO Interior Vol6
11-09
ArchVizPRO Interior Vol6 2.52G 三A级场景 Unity Asset Store地址:https://assetstore.unity.com/packages/3d/environments/urban/archvizpro-interior-vol-6-120489
ArchVizPRO Interior Vol.6.txt
05-14
Unity3D场景 ArchVizPRO Interior Vol.6 我这里还有ArchVizPRO Interior Vol1-6的场景，请下载吧
oracle euk 什么系统,【T】每日一生信--interproscan安装及使用（终结版）
weixin_30126739的博客
04-13 456
本博文已整理到新地址：http://qinqianshan.com/interproscan-installation-and-usage/Interpro是一个数据库，它里面有蛋白功能，蛋白家族等信息。而Interproscan就是可以将你的蛋白序列跟这个这个数据比对，从而给你的序列功能注释。Interproscan5新增了一些功能用来预测跨膜和信号肽可以把结果map到上传的数据上寻找蛋白可能的...
蛋白序列GO号注释及问题
weixin_30814329的博客
11-27 2184
#=============================== 版本1 ===============================================InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能。是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余数据库。Interproscan整合了一些使用最...
Interproscan linux版本详细安装教程及运行报错解决方案
m0_55059521的博客
04-09 3854
解决问题：interproscan 软件 在Linux中配置（个人经验，仅供参考~） 文章目录前言一、参考文档二、需要软件Software requirements:1.下载压缩包2.解压3. 和hmm model 建立索引4. pather model5. 运行三、问题解决1 软件缺失总结 前言 提示：这里可以添加本文要记录的大概内容： 例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。 提示：安装的版本是 一、参考文档 htt.
表示数值的字符串（Java实现）
梦中注定的博客
06-02 347
表示数值的字符串问题描述：解题思路：代码： 问题描述： 请实现一个函数用来判断字符串是否表示数值（包括整数和小数）。例如，字符串"+100",“5e2”,"-123",“3.1416"和”-1E-16"都表示数值。 但是"12e",“1a3.14”,“1.2.3”,"±5"和"12e+4.3"都不是。 解题思路： 有两种思路：第一种是利用正则表达式来进行判断是否为数值，另一个方法也是剑指offer里面给出的答案，首先看第二种方法：我们首先观察字符串是数字和不是数字的区别。很显然，数字只可能包含0-9，小数点
搭建本地blast2go
tmjdone的专栏
10-20 4707
1. 从http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources  下载相应资源( http://www.blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip http://www.blast2go.com/data/blast2go/local_b2g_db_tutorial_0809.zip ) 1.5 (可选,依据
多重序列比对查看
tmjdone的专栏
11-22 1542
### plotNuc.pl --- #! /usr/bin/perl -w # # File: plotNuc.pl # Time-stamp: # $Id: $ # # Copyright (C) 2010 by tmjdone # # Author: tmjdone # # Description: # use strict; use Data::Dumper; use Getopt::Long; use Pod::Usage; use Bio::SeqIO;
install bioperl
tmjdone的专栏
08-22 1238
How to install bioperl via cpan: https://wiki.archlinux.org/index.php/Bioperl bash>cpan cpan>d /bioperl/ cpan>install xxx/bioperl-xxx.tar.gz How to install GBrowse: http://gmod.org/wiki/GBrows
inter-cloud计算：应对大数据的解决方案
"运用inter-cloud+computing处理大数据" 在当今信息化时代，随着移动设备的普及，产生了大量的数据，这些数据涵盖了企业数据、视频数据、传感器数据等多个领域，总数据量甚至超过泽字节（ZettaByte）。面对如此庞大...
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