ArrayExpress包常用函数

ArrayExpress

常用函数

1 ae2bioc

功能：将MAGE-TAB文件从raw data转换为bioconductor对象。

返回值： AffyBatch, ExpressionSet 或 NChannelSet。assayData储存表达值，phenoData储存sdrf，featureData储存arf，experimentData储存idf。

ae2bioc(mageFiles, dataCols = NULL, drop = TRUE)

参数	注释
mageFiles	待转换文件名。本地文件夹中含有rawFiles，sdrf，idf,adf,path。
dataCols	程序根据scanner类型自动识别，若scanner类型未知，则手动输入。双通道芯片为“R”、“G”、“Rb”和“Gb”，单通道芯片为文件中对应的列名。
drop	默认为TRUE。若为TRUE且实验中只有一个平台，则显示平台名称。

2 ArrayExpress

功能：从ArrayExpress数据库下载raw data。

返回值：AffyBatch、 ExpressionSet 或 NChannelSet。

ArrayExpress(accession, path = tempdir(), save = FALSE, dataCols = NULL, drop = TRUE)

参数	注释
accession	ArrayExpress experiment编号
path	文件下载的目录，默认为工作目录
save	默认为FALSE。若为TRUE，则下载文件解压缩之后不删除原文件。
dataCols	程序根据scanner类型自动识别，若scanner类型未知，则手动输入。双通道芯片为“R”、“G”、“Rb”和“Gb”，单通道芯片为文件中对应的列名。
drop	默认为TRUE。若为TRUE且实验中只有一个平台，则显示平台名称。

3 getAE

功能：从ArrayExpress数据库下载并提取MAGE-TAB文件。

返回值：一个含有下载并提取的文件名称的list。

getAE(accession, path = getwd(), type = "full", extract = TRUE, local = FALSE, sourcedir = path) 

参数	注释
accession	ArrayExpress实验编号
path	文件下载的目录，默认为工作目录
type	raw表示只下载raw文件，processed表示只下载process文件，full表示都下载。
ex