ArrayExpress
常用函数
1 ae2bioc
功能:将MAGE-TAB文件从raw data转换为bioconductor对象。
返回值: AffyBatch, ExpressionSet 或 NChannelSet。assayData储存表达值,phenoData储存sdrf,featureData储存arf,experimentData储存idf。
ae2bioc(mageFiles, dataCols = NULL, drop = TRUE)
参数 | 注释 |
---|---|
mageFiles | 待转换文件名。本地文件夹中含有rawFiles,sdrf,idf,adf,path。 |
dataCols | 程序根据scanner类型自动识别,若scanner类型未知,则手动输入。双通道芯片为“R”、“G”、“Rb”和“Gb”,单通道芯片为文件中对应的列名。 |
drop | 默认为TRUE。若为TRUE且实验中只有一个平台,则显示平台名称。 |
2 ArrayExpress
功能:从ArrayExpress数据库下载raw data。
返回值:AffyBatch、 ExpressionSet 或 NChannelSet。
ArrayExpress(accession, path = tempdir(), save = FALSE, dataCols = NULL, drop = TRUE)
参数 | 注释 |
---|---|
accession | ArrayExpress experiment编号 |
path | 文件下载的目录,默认为工作目录 |
save | 默认为FALSE。若为TRUE,则下载文件解压缩之后不删除原文件。 |
dataCols | 程序根据scanner类型自动识别,若scanner类型未知,则手动输入。双通道芯片为“R”、“G”、“Rb”和“Gb”,单通道芯片为文件中对应的列名。 |
drop | 默认为TRUE。若为TRUE且实验中只有一个平台,则显示平台名称。 |
3 getAE
功能:从ArrayExpress数据库下载并提取MAGE-TAB文件。
返回值:一个含有下载并提取的文件名称的list。
getAE(accession, path = getwd(), type = "full", extract = TRUE, local = FALSE, sourcedir = path)
参数 | 注释 |
---|---|
accession | ArrayExpress实验编号 |
path | 文件下载的目录,默认为工作目录 |
type | raw表示只下载raw文件,processed表示只下载process文件,full表示都下载。 |
ex |