seqkit根据基因id_生信分析——ArrayExpress数据库基因表达数据的基因注释

这篇博客介绍了如何使用seqkit根据基因ID对ArrayExpress数据库中的基因表达数据进行注释,涉及R语言的生信分析,包括数据预处理、基因表达差异分析的前期工作。作者提供了两种基因注释方法,并选择了bioconductor注释包的lookup函数进行注释操作。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

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关于ArrayExpress数据库,前面我们都是在讲怎么从ArrayExpresss数据库花样下载所需要的数据,其实最后的结果都殊途同归。

只要能把数据下载下来就行,就怕巧妇难为无米之炊。大家都说一入生信深似海,但其中的艰难困惑与快乐,只有你我知道,一旦决定学习生信,最重要是放平心态,不要急于求成,熬过最令你难受的日子,后面就是你最轻松的时候。

万事开头难,不是空穴来风。

OK,打好了鸡血,让我们重新收拾一下心情,开始我们的生信之旅,深呼吸下面跟着我一起来做:

上一期我们根据研究的索引E-MTAB-2967用R下载的数据。

今天,我们首先先看下那个研究的背景:原始文章对14个溃疡性结肠炎病人 (Ulcerative colitis, UC)和15个克罗恩病病人 (Crohn's disease, CD)的发炎组织和未发炎组织活检采样,用Affy芯片检测基因表达谱,研究发炎组织和未发炎组织的基因表达差异。(文章:Genome-wide Pathway Analysis Using Gene Expression Data of Colonic Mucosa in Patients with Inflammatory Bowel Disease. Inflamm Bowel Dis. )。

也就是说,最终我们要分别做这

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