10x单细胞数据分析之Seurat多样品整合分析

最新推荐文章于 2025-08-09 11:14:15 发布
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本文介绍了如何使用Seurat进行多单细胞样品的整合分析，包括直接合并数据和批次效应校正后合并。通过示例展示了在10x单细胞数据上应用Seurat的分群、PCA、UMAP、FindNeighbors和FindClusters等方法，并通过差异分析探讨了批次矫正的重要性。

上一篇10x单细胞数据分析我们介绍了如何用Seurat对单细胞数据进行分群分析，这一篇我们介绍一下多个单细胞样品的分析方法。

测试数据选择Seurat提供的ifnb数据集，其中包含两个PBMC样品，一个为干扰素刺激处理，另一个为对照。打开Rstudio，在控制台中输入

devtools::install_github(‘satijalab/seurat-data’)
library(Seurat)
library(SeuratData)
library(patchwork)
InstallData(“ifnb”)
LoadData(“ifnb”)
下载好的ifnb数据是一个Seurat对象，我们需要按照处理方式把它拆成两个样品的对象

ifnb.list <- SplitObject(ifnb, split.by = “stim”)
输入ifnb.list查看拆分后的对象
在这里插入图片描述

Seurat在进行多个单细胞样品分析时，有两种处理方式，直接合并和批次效应校正后合并。我们分别介绍这两种分析方法。

1、直接合并

直接使用merge函数将两个样品合并，这个方法直接将两个对象内的数据矩阵分别合并到一起，生成一个新的Seurat对象

merged.ifnb<- merge(x = ifnb.list[[1]],y = ifnb.list[2])
图片
合并后的数据可以当成一个单样品的Seurat对象进行分析

merged.ifnb <- NormalizeData(merged.ifnb, normalization.method = “LogNormalize”, s

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上次的视频中已花费大量时间讲解过单样本分析的基本流程，所以这节课的学习需要有上节课的基础，希望大家按顺序观看。此次的内容较简单、篇幅也较小，代码与视频请看下文，测试数据集与代码存于文末链接之中。由于测试数据比较特殊，并没有展示出去批次的精妙之处，留一个悬念给大家吧，可以用自己的数据集测试一下。（B站同步播出，先看一遍视频再跟着代码一起操作，建议每个视频至少看三遍）欢迎关注同名公众号~
单细胞测序数据多样本多套10x文件数据R语言整合代码
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单细胞RNA测序数据通常包含多个样品，并且每个样品的数据集可能来自不同的实验平台，如10x Genomics的GemCode技术。在R语言中整合这些多样本和多套10x文件的数据，可以使用一些专门的单细胞分析库，比如Seurat、Satellite、SCATER等。以下是一个基本的步骤概述： 1. **加载必要的包**: ```R library(Seurat) library(scater) library(scran) ``` 2. **读取并预处理数据**: 对于每个单独的10x文件（如`count_data.txt`），你可以使用`Read10X()`函数： ```R file1 <- "path_to_sample1/count_data.txt" set1 <- Read10X(file1) ``` 对所有样本做类似的操作。 3. **整合数据**: 如果所有样本都来自相同的平台，可以直接用`整合SeuratObjectList()`整合成一个大的单细胞对象列表。如果需要更精细的控制，如质量控制和标准化，可以逐个处理然后合并，例如： ```R all_seurat <- lapply(c("set1", "set2", ...), function(x) { # 做质量控制和标准化 set <- NormalizeData(x, verbose = FALSE) # 进行标准化后的融合 return(set) }) final_set <- Reduce(function(...) MergeSeurat(...), all_seurat, idents = paste0("sample_", seq_along(all_seurat))) ``` 4. **特征选择和绘图**: ```R final_set <- FindVariableFeatures(final_set, nfeatures = 2000) final_set <- ScaleData(final_set) DimPlot(final_set, reduction = "pca") ``` 5. **保存整合后的数据**: ```R write.csv(as.data.frame(final_set@assays$RNA), "integrated_data.csv", row.names = FALSE) ``` 注意：实际操作时可能需要根据具体的文件格式和需求调整代码。上述步骤只是提供了一个通用框架，实际整合过程可能会根据数据的具体情况进行调整。
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