2019年03月_wangchuang2017

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转载做转录组测序前需要知道的那些事

做转录组测序前需要知道的那些事转载2016-05-31 10:57:521.转录组的研究对象转录组包括特定细胞或组织在某一时期内表达的所有RNA的集合，包括各种small RNA，lncRNA（long non-coding RNA）及mRNA等，因此做转录组测序理论上可以研究各种长度范围的RNA序列。针对转录组的测序，通常称为transcriptome sequencing，或简称为...

2019-03-27 16:54:52 6699

转载 RNA-seq技术之转录组从头组装介绍

RNA-seq技术之转录组从头组装介绍转载2016-05-31 17:07:391.何为转录组组装说起转录组组装，不得不先说新一代测序技术（next generation sequencing）。自从2005年454生命科学公司推出第一款二代测序仪器以来，二代测序技术飞速发展，Illumina和ABI公司先后推出各自的二代测序仪Genome Analyzer和SOLID...

2019-03-27 16:54:29 10742

转载 RNA-seq最新利器——全长转录组测序

RNA-seq最新利器——全长转录组测序转载2016-07-20 09:48:501.三代测序技术PacBioSMRT Sequencing2005年以来，转录组测序和研究的主流是基于NGS，即所谓的二代测序技术，虽然二代测序技术极大地提高了测序通量，且能够发现novel的转录本，但是由于其先天的缺陷，测序读长只能达到几百个碱基（MiSeq可以达到PE300），在转录组结构分析方...

2019-03-27 16:52:59 3947

转载生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课，有一章专门讲的数据库与软件：1-生物信息学：导论与方法北大\10 生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题：如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题？如何将该问题转化为一个可计算的问题？如何提出一个解决此问题的算法？如何实现该...

2019-03-27 15:20:28 9205

转载第四次产业革命将由四个领域引领：大数据、新材料、新能源和生物科技。

第一次产业革命是蒸汽机的发明带来的工业革命，第二次产业革命以内燃机和电力的发明为标志，第三次产业革命以核能和互联网为标志，第四次产业革命将由四个领域引领：大数据、新材料、新能源和生物科技。当我们还沉浸在计算机时代机器可读、数据可算的喜悦时，互联网时代的信息传递和信息服务已遍地开花、硕果累累，当我们还思考“互联网＋”是什么时，大数据时代已悄然而至。今天，我们头顶上有云，脚底下有网，周围弥漫着难以计...

2019-03-27 10:35:53 3065

原创生命科学数据与互联网数据一样已被公认为大数据

生物信息学是一个前沿交叉学科，通过应用计算机和计算技术研究生物学和医学问题，研究手段包括计算机科学与技术、统计学、数学、物理学等多个方面。由于核酸序列数据以及其它生物数据的增长一直呈现指数增长趋势，比如新一代测序数据2010-2013年每五个月数据量就翻一倍，表明生物信息学近年来的发展非常迅猛，生命科学数据与互联网数据一样已被公认为大数据，计算机科学与生命科学的交叉也是一个必然的历史趋势，给计...

2019-03-27 10:30:25 448

原创纯二代测序从头组装基因组(基础版）

基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。进一步基于不同长度的大片段(mate-pair)文库，将原本孤立的contig按序前后连接，其中会调整contig方向以及contig可能会存在开口(gap...

2019-03-26 22:11:06 8940 1

原创基因结构

我们都知道不论真核与原核生物都离不开基因，它储存着生长、发育、凋亡等几乎全部生命过程的信息。那么基因有着哪些结构呢，接下来从三个层面来讨论基因的构成：一、DNA编码区Coding region基因在结构上，分为编码区和非编码区两部分。真核生物的编码区是不连续的，分为外显子和内含子，在转录过程中会修剪内含子，并拼合外显子来形成转录产物。在原核生物中，基因是连续的，也就是说...

2019-03-26 22:07:22 7813

原创第二类核酸

在“DNA核苷酸含量”中，我们描述了核酸作为核苷酸单元聚合物的一级结构，并且我们提到广泛存在的DNA由四个碱基的不同序列组成。然而除了DNA外，染色质还有一种核酸和DNA一起存在；这种核酸具有不同的糖，称为核糖（ribose），后来被称为核糖核酸或RNA。RNA与DNA的不同之处在于它含有称为尿嘧啶（uracil）的碱基代替胸腺嘧啶; DNA和RNA之间的结构差异如图1所示。生物学家最初...

2019-03-26 21:48:25 278

原创 DNA核苷酸含量计算

分子生物学简介构成所有生物原料的细胞被认为是生命的基石。细胞核是大多数真核细胞的组成部分，150年前被确定为细胞活动的中心。在光学显微镜下观察，细胞核仅作为细胞的较暗区域出现，但随着我们增加放大倍数，我们发现细胞核密集地充满了称为染色质的大分子物质。在有丝分裂期间（真核细胞分裂），大多数染色质浓缩成长而细的细胞串，称为染色体。有关有丝分裂不同阶段的细胞图见下图。图1. 在19...

2019-03-26 21:42:21 3200