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文献
文章平均质量分 70
wangchuang2017
天下才子,中州过半
惟楚有才,于斯为盛
实事求是,知行合一
师者,所以传道,授业,解惑也
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魅力化学 化学魅力
魅力化学发布日期:2020-05-18 作者: 来源: 点击:7化学是关于物质的组成、结构、性质与变化规律的科学,是人类认识和改造物质世界的主要方法和手段之一,也是最具创造性的科学之一。化学规律的发现及其应用展示了它的社会美。它的出现产生了强大的社会力量,给人类创造了巨大的物质财富,为人类自身带来了美好的生活。化学关系人类生存衣食住行和健康需求的方方面面、关乎国家经济发展、社会进步和国防建设的命脉,也是生命科学、材料科学、能源科学、航空航天、资源环境、食品、医药等学科的基础。化学的物质魅力世界是物原创 2022-05-25 10:00:52 · 766 阅读 · 0 评论 -
生物信息学软件 文件格式
生物信息学中有很多分析软件,也就有了多种文件格式。下面简单总结一些常用的文件格式以备随时查阅。序列信息首先最需要的就是存储基本DNA、RNA或蛋白质序列的文件,最常见的就是FASTA和FASTQ格式。序列中各种字母的含义见我的另一篇文章。FASTAfasta常用于存储基因序列信息。每一条序列都包括两部分,头部就是序列信息的第一行,以>开头,往往就是序列的名称或ID,只能占据一行。其下就是具体序列信息,往往也都有多行。如:>Escherichia-coli-MG1655AGCTT原创 2023-08-18 20:14:26 · 220 阅读 · 0 评论 -
学位论文 选题
学位论文 选题原创 2022-04-06 20:11:47 · 379 阅读 · 0 评论 -
博士学位,学术研究
第一章 拿到博士学位需要多久一个比较实际的衡量标准就是你去参加会议的时候,有没有人在寻找你,想跟你讨论问题另外一种就是你的工作是否被同行所引用?第二章 博士生的终极目标等你毕业的时候,你想得到什么样的评价?我希望我能认可我的成长,包括英文的听说读写能力的提升,做talk的能力,发一篇以上的高质量论文,认可自己的研究成果,能有几个都还不错的工作选择。第一目标 成为最好:通过博士阶段的学习,你应该确立自己在某一领域的立足点和拥有者。你的研究工作要像一道光芒,普照到这一领域的每一个角落,能让每一.原创 2022-03-26 10:23:28 · 351 阅读 · 0 评论 -
PaSS:用于 PacBio 测序的测序模拟器
PaSS:用于 PacBio 测序的测序模拟器张文敏,1本佳,1魏朝春1,2作者信息文章注释版权和许可信息免责声明本文已被PMC 中的其他文章引用。相关数据补充材料数据可用性声明去:抽象的背景第三代测序平台,如 PacBio 测序,近年来发展迅速。PacBio 测序比第二代测序(或下一代测序,NGS)技术产生更长的读取,并且它具有独特的测序错误模式。有效的读取模拟器对于评估和促进用于 PacBio 测序数据分析的新生物信息...原创 2022-03-23 18:44:28 · 1608 阅读 · 0 评论 -
人类基因测序被重新定义,时间减半创世界纪录
人类基因测序被重新定义,时间减半创世界纪录【新智元导读】近日,斯坦福大学研究团队把人类DNA测序的时间缩短至5小时2分钟,重新定义了人类基因组测序速度!DNA测序时间减半,还创下了最新吉尼斯世界纪录!近日,斯坦福大学研究团队完成了利用人工智能计算加速工作流程的「DNA巨量测序」技术。最新研究已于1月12发表在《新英格兰医学杂志》上。论文地址:https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2112090此研究中处理速度最快的病例样本仅用了5小时2原创 2022-03-19 00:23:37 · 312 阅读 · 0 评论 -
考研 计算生物学 四川大学生科院
计算生物学 · 语雀原创 2022-03-18 22:50:59 · 632 阅读 · 0 评论 -
生物信息学简史
生物信息学简史2018-08-15, 7127 words, 26 min read前几天看到Briefings in bioinformatics发了一篇文章介绍生物信息学发展历史。个人有两个感慨,一是这样的文章也可以发表(不禁想给自己的博客投稿),二是感慨生物信息学发展之快。对整篇文章进行了粗糙的翻译整理,供大家了解。起源:1950-197020 世纪 50 年代早期,DNA 的历史地位还没有被建立,那个时候人们普遍认为蛋白质才是遗传信息的载体。直到 1952 年的噬菌体...原创 2022-03-18 19:10:57 · 4678 阅读 · 0 评论 -
PACBIO:经历9件大事,终获一致认可?
PACBIO:经历9件大事,终获一致认可?2021-05-08|热心肠先生原创独家收藏(0)|阅读(19)■ 肠企简介PacBio总部在美国硅谷,为客户提供高精准的长读长测序技术,为致力于解决复杂的遗传挑战的科学家提供宝贵的见解。为了推动分子生物学的发展,PacBio 的创始人发明了一种新方法来研究 DNA 和 RNA。利用生物化学、光学、纳米制造等方面的先进技术,PacBio 开发了单分子实时(SMRT)测序技术。通过以单分子分辨率实时分析 DNA 分子,这项...原创 2022-03-16 12:08:36 · 2782 阅读 · 0 评论 -
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析2020.9.012060 随着人类基因组计划(human genome project )在2003年顺利完成,基因组测序技术取得了长足的进步,这直接导致了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。人们对基因组的复杂性深感震惊,这也引导着测序技术的进一步发展。最近的一些突破性技术使得测序技术在更短的时间内可以获得更多的数据量。与之对应的是,还有一些技术的进步使得单条序列的测序读长变得更长——这对解析结构性的复合区段是极其必要的。这些原创 2022-03-15 20:32:22 · 5490 阅读 · 0 评论 -
英文论文写作
英文论文写作如何选择恰当表述用英文写论文时,经常不知如何表述。过去我们采取的做法是把想到的多种表述输入到google中,看哪一种出现频率高,哪一种就留下来。但这样做偶尔有问题,就是无法区分专业习惯和日常用语。最近,Springer出版集团推出了Exemplar。这是从学术论文中查找。用户甚至可以限定期刊,以便你查到的表述方式符合特定领域研究人群的习惯。详见本人博客。 措辞表述精选我们在英文专业论文的写作中经常不知道如何表达,或者感觉自己的表述非常笨拙。从上个月开始,每次看到欧美英语国家的原创 2022-03-14 23:30:39 · 158 阅读 · 0 评论 -
论文写作心得体会
论文写作心得 论文对于硕士,尤其博士,是必须的一种技能,也是一道难关。所谓 大道无形,小道可走。下面给出一些博士期间的写作心得,希望能有 所裨益。论文可以有三个境界:毕业、科研、贡献。 现在只说第一个,为了毕业。 这里的论文,可以指 EI 论文、SCI/E 论文。 我把论文分成三个阶段:读、写、改。 一、读 即:读哪些论文(对象),读论文的目的是什么(目标),怎么读(方法) 1.读什么论文。 读论文,需要读经典的专业基础论文、survey(概述)论文,原创 2022-03-14 18:56:33 · 336 阅读 · 0 评论 -
如何整理论文
如何整理论文 在下载了很多论文之后,我们需要对论文进行归类整理,方便梳理出领域发展的脉络,理清自己阅读论文的顺序和进度。整理论文一般分为本地文件组织和论文管理软件两种方式。本地文件组织统一命令规则 时间-作者-题名:梳理出同一作者或实验室历年的科研进展 时间-关键词-题名:梳理出领域内不同方法的演变历程 按类别归入文件夹 用电脑自带的搜索工具,搜索关键词论文管理工具 目前市面上有很多论文管理工具,最为出名的当属EndNote和Mendeley。E...原创 2022-03-12 21:08:56 · 1856 阅读 · 0 评论 -
破译“生命天书”20年
破译“生命天书”20年播报文章人民资讯发布时间: 08-2409:03人民网人民科技官方帐号「本文来源:中国农网」20年前,我国科学家参与并完成国际“人类基因组计划”1%的任务。“加入国际“人类基因组计划”,可以使中国平等分享该计划所建立的所有技术、资源和数据,并使我国成为世界上少数几个能独立完成大型基因组分析的国家。”中科院院士杨焕明说。这一基础研究领域的突破,对我国农业尤其是种业的影响深远。近日,在人类基因组草图公布20周年之际,中国科学院遗传与发育生物学研究所、中国科学院北京基原创 2021-11-28 13:07:10 · 1468 阅读 · 0 评论 -
二三代基因组混合组装流程的搭建与序列拼接并行优化方法研究_武海波
当今世纪,生物学技术得到了迅速发展,世界己经进入了信息科学的时代和生命科学的时代。与此同时,超级计算机的发展、集群的广泛应用、国际互联网的飞速发展为分子生物学的研究提供了强有力的支撑。为了更加有效、更加方便快捷的对己知生命的生物学相关的大量信息进行科学的、统一的管理以及分析利用,一门由多学科交叉且涵盖了计算领域、信息领域和分子生物学领域的新的学科技术一生物信心学应用而生。生物信息学,是一门涉及到多学科交叉的新兴学科,综合利用了生、数、物、化以及信息计算科学、计算机科学技术等多...原创 2021-11-12 08:35:20 · 1783 阅读 · 0 评论 -
概率论 假设检验
假设检验假设检验的元素原假设H0H0 : 关于一个或多个总体常数备择假设HaHa : 如果我们决定拒绝原假设则将接受的假设检验统计量 : 由样本数据计算的拒绝域 : 使得原假设被拒绝的检验统计量的取值结论 : 作出接受还是拒绝原假设的决策构建假设检验的步骤:确定想要的结果(放在备择项),设立好原假设、备择假设构建统计量,给定αα计算p值和置信区间,以及ββ为了便于理解,分别对三类假设检验给出案例分析两边的假设检验单边(左边)的假设检验单边(右边)的假设检验原假设和备择假设原创 2021-10-11 18:24:05 · 1278 阅读 · 0 评论 -
ReMILO
为了进一步提升组装错误检测算法的性能,本文提出了一种新的算法一 ReMILO,同时使用短读长和相似物种的基因组以及长读长来检测组装错误。 ReMILO引入例如多种数据源,选择参考基因组和长读长,主要是基于以下两点: (1)随着第二代测序技术成本的下降,越来越多物种的基因序列被测定。因 此,使用一个相似物种的基因组来提高重叠群的质量变得可行。Schneeberger127]通过将短读长比对到参考基因组上来重组重叠群,Aligngraph[28]借助参考基因组来扩展预组装的重叠群。RACA[291和R..原创 2021-08-29 15:49:45 · 121 阅读 · 0 评论 -
纳米孔测序高错误区域恢复率高达99%,肖传乐/刘奕志/王建新等在Nature子刊发表新校正组装算法
纳米孔测序高错误区域恢复率高达99%,肖传乐/刘奕志/王建新等在Nature子刊发表新校正组装算法2021-01-07 15:54新基因组组装是基因组学最重要的任务之一。三代测序技术(PacBio和Oxford Nanopore)可解决基因组重复区域的组装难题,提高基因组完整性,已成为基因组组装主流技术。其中,纳米孔(Nanopore)测序技术的迅速发展更使得测序成本显著降低,并且由于其可实现超长读长(高达1Mbp),在复杂基因组组装中具有天然优势。然而,目前Nanopore的测序错误分布广泛(1.原创 2021-08-16 11:44:26 · 347 阅读 · 0 评论 -
Next-generation sequencing technologies 下一代测序技术
Next-generation sequencing technologies has improved a lot in 15 years.Read, the length of one measurable sequence, has been lengthened.Flux, the quantities of data from sequence, has also increased.What is more, the cost of sequencing has been decreased原创 2021-08-01 18:27:23 · 1411 阅读 · 0 评论 -
Nature news: 未来40年,DNA测序将走向何方?
Nature news: 未来40年,DNA测序将走向何方?2017-10-14 00:0040年前,Sanger测序技术诞生,让DNA片段的测序成为现实.自此,DNA测序技术以惊人的速度发展,越过一座又一座的里程碑.那么,未来40年,DNA测序又将变成什么样?Eric Green、Edward Rubin和Maynard Olson三位科学家本周在《Nature》上发文,展望了这项技术的未来.Coloured DNA bands.测序的需求技术的改进可能增加需求,也可能减少需求..原创 2021-07-26 18:33:19 · 761 阅读 · 0 评论 -
测序仪的序列:DNA测序的历史
测序仪的序列:DNA测序的历史作者链接打开覆盖面板James M.HeatherBenjaminChain展示更多添加到门德利分享引用https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2015.11.003获取权利和内容根据 Elsevier用户许可打开存档强调•我们回顾了过去 50 年 DNA 测序技术的巨大变化。•第一代方法能够对克隆 DNA 群体进行测序。•第二代通过并行化许多...原创 2021-07-25 07:53:12 · 521 阅读 · 0 评论 -
edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释
请一定看这里:写下来只是为了记录一些自己的实践,当然如果能对你有所帮助那就更好了,欢迎大家和我交流三者区别三者区别差异分析流程:1 初始数据2 标准化(normalization):DESeq、TMM等为什么要标准化?消除文库大小不同,测序深度对差异分析结果的影响怎样标准化?找到一个能反映文库大小的因子,利用这个因子对rawdata进行标准化3 根据模型检验求p value:泊松分布(poisson distribution)、负二项式分布(NB)等...原创 2021-02-26 15:33:26 · 16205 阅读 · 2 评论 -
voom: precision weights unlock linear model analysis tools for RNA-seq read counts
voom: precision weights unlock linear model analysis tools for RNA-seq read counts标准化方式首先在定义cpm的时候,作者利用如下公式进行计算其中,我们在进行普通RNA-seq的时候通常会有n个sample,G个基因,那么r(gi),g = 1—G代表基因数目,i = 1—n代表样品数目,所以r(gi)即为第i个样品中第g个基因的count数所以R(i)表示了对于每一个样本来说,它们所有基因的count总数量原创 2021-02-26 15:20:46 · 603 阅读 · 0 评论 -
基因组组装----k-mer
1.什么是k-mer?k-mer:在生物信息学中,k-mers是包含在生物序列中的长度为k的子序列。比如序列:GTAGAGCTGT,根据k值不同,可得到以下k-mer。注:长度为L的序列对于一个给定的K可以得到L-k+1个k-mers。file2.可视化k-mers----k-mer spectrumk-mer spectrum:显示了序列中的每个k-mer的多重性(例:8-mers' frequency)与具有该多重性的k-mers的数目。下图为大肠杆菌的8-mer spe原创 2021-02-26 15:15:11 · 3838 阅读 · 0 评论 -
如何进行基因组组装?
如何进行基因组组装?(1)随着测序的发展,越来越多的生物体被进行基因组进行测序,这些测序的reads,再被用于组装或者其它相关的研究。基因组序列组装是一个研究的起点,如果你研究的物种没有参考基因序列,就无从找到该生物有的基因,进行基因的功能分析,然后开展下游的群体遗传,结构差异等等一系列非常有趣的研究。所以说组装好参考基因组是基因组研究的最基础的事情之一。接下来,希望通过网上一些教程,和大家熟悉了解一下如何进行基因组组装。首先先让我们从大的picture来回顾一下,基因组组装的相关知识。.原创 2021-02-26 15:12:02 · 4380 阅读 · 0 评论 -
SPAdes混合组装二代、三代测序数据
导读SPAdes是2012年发表在Journal of Computational Biology上的一篇文章提出的二代测序组装软件,是目前引用量已经达到6200+,在宏基因组组装软件中引用量最高【其他组学不清楚了】。SPAdes不仅推出rnaSPAdes【转录组】、metaSPAdes【宏基因组】、plasmindSPAdes【质粒】,还推出了可以用于二代、三代测序数据混合组装的hybrid SPAdes功能。SPAdes虽然在速度、效率上比不过megahit,但SPAdes内部含校错功能,组.原创 2021-02-26 14:58:28 · 3717 阅读 · 0 评论 -
基因组组装的那些困扰,用单倍体基因组一一破解!
动植物基因组非常复杂,基因组大小、杂合度、GC含量、倍性等都会影响着基因组组装的难度和结果。特别是目前动植物基因组大多采用二倍体或多倍体材料直接进行测序组装,对于复杂基因组如高杂合、大基因组等,组装的难度很高。同时,二倍体或多倍体组装的结果混杂了双亲等位基因组的嵌合序列,可能会引入错误的基因注释信息。此时如果能进行单倍体基因组组装,不仅能降低组装难度,还能获得一套染色体组的序列。什么是单倍体基因组?二倍体拥有两套染色体组,对有性繁殖的物种来说,一套染色体组来源于母亲,另一套来源...原创 2021-02-25 18:58:28 · 4096 阅读 · 1 评论 -
WGCNA算法研究笔记
WGCNA算法研究笔记研究了近半年的算法,记录下来给自己一个交代,也应该是考G前地最后一篇日志了。Weighted Gene Co-Expression Network Analysis中文名有翻译成加权关联网络分析的,感觉不是很恰当,英文来得比较直接。本来是佟昊从老汪那拿的一个课题,因为看起来比较有意思就把文章找来慢慢啃,到现在算是捣鼓出点名堂了。方法是UCLA的一个教授提出来的,在文章中他将其归类到系统生物学的研究方法中,不过个人认为由于其分析水平还是只停留在DNA芯片上,并未到达系统的程度,但原创 2021-02-20 10:54:31 · 1019 阅读 · 0 评论 -
WGCNA(加权基因共表达网络分析)
WGCNA(加权基因共表达网络分析)序章这个工具现在很火,高分文章用到很多。加权基因共表达网络分析(WGCNA,Weighted gene co-expression network analysis) WGCNA能够从复杂数据中(N多分组)快速地提取出与样本特征相关的基因共表达模块,以供后续分析。简单地说,它通过计算基因之间的表达相关性,将具有表达相关性的基因聚类到一个模块中,然后再分析模块与样本特征(包括临床特征、手术方式、治疗方法等等)之间的相关性,WGCNA搭建了一座样本特征与基因表达原创 2021-02-20 10:16:38 · 13222 阅读 · 6 评论 -
转录组数据下载
原创 2021-01-30 15:40:24 · 1710 阅读 · 0 评论 -
不用在读长和准确性之间做选择题,PacBio发表新方法
【字体:大中小】时间:2019年08月19日来源:生物通编辑推荐: 研究人员的梦想是拥有既长又准确的测序读数。如今,PacBio研究团队对现有的单分子实时测序(SMRT)技术进行了调整,让人们离这个目标又近了一步。从一开始,研究人员似乎就面临着艰难的选择。一边是Illumina产生的短序列,高度准确但读长很短,另一边则是Pacific Biosciences和Oxford Nanopore产生的长序列,但准确性却无法让人满意。研究人员的梦想是拥有既长又准确的测序读数。...原创 2023-08-23 08:23:48 · 252 阅读 · 0 评论 -
CBC2020 第五届中国计算机学会生物信息学会议(The Fifth CCF Bioinformatics Conference,简称CBC 2020) 2020年10月16日-10月18日在哈尔滨
CBC2020-day117 October 2020onCBC2020Xinyi Wang大会特邀报告报告者1:ZhangAidong(弗吉尼亚大学)报告题目:Meta Learning for Cancer Prediction来自维吉尼亚大学的ZhangAidong教授带来了为题“Meta Learning for Cancer Prediction”的精彩报告。报告主要针对癌症预测中部分癌症类别存在数据样本少的问题,如何使深度学习在少量癌症样本上也能表现高性能。Zhang教授...原创 2021-01-29 11:00:26 · 1072 阅读 · 0 评论 -
STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner STAR:超快的通用RNA-seq比对器
STAR:超快的通用RNA-seq比对器动机:因为不连续的转录本结构,相对短的片段长度,和测序技术持续增加的通量,高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率,低比对速度,片段长度限制和比对偏差。结果:为了比对我们的大量(> 800亿片段)ENCODE转录组RNA-seq数据集,我们基于一种以前未描述的RNA-seq比对算法开发了STAR(Spliced Transcripts Alignments to a Reference,原创 2021-01-26 19:33:20 · 773 阅读 · 0 评论 -
Summary of Bioinformatics Journals
Summary of Bioinformatics JournalsOr more precisely, journals where bioinformatics articles can appear:from http://www.cs.ucr.edu/~vladimir/lib/journals.htmlName 2008 2007 2006 2005 Publisher B...原创 2021-01-25 10:56:29 · 640 阅读 · 0 评论 -
Combination of short-read, long-read, and optical mapping assemblies reveals large-scale tandem repe
Combination of short-read, long-read, and optical mapping assemblies reveals large-scale tandem repeat arrays with population genetic implications短读、长读和光学映射组合揭示了大规模串联重复序列阵列与群体遗传的关联精确和连续的基因组组装是全面理解形成基因组多样性和进化过程的关键。然而,它经常受到组成性异染色质的限制,通常以高度重复的DNA为特征。作为与原创 2021-01-24 16:56:40 · 129 阅读 · 0 评论 -
生物信息学、系统生物学 期刊 会议
生物信息学、系统生物学是交叉学科,可选择期刊比较广泛,这里只列举一些平时关注的刊物:--------------------------------------------Nature BiotechnologyNature Methods 上述两个刊物有Computational Biology相关的栏目,顶尖的生物信息学研究成果(偏理论、方法)Proceedings of the National Academy of Sciences 偶尔有生物信息学的论文发表,顶尖、创新的研究--..原创 2021-01-24 16:43:41 · 3739 阅读 · 0 评论 -
High-Quality Genome-Scale Models From Error-Prone, Long-Read Assemblies高质量的基因组尺度模型来自易出错的,长时间读取的程序集
高质量的基因组尺度模型来自易出错的,长时间读取的程序集误差杆,长读装配的高质量基因组规模模型贾里德T. Broddrick1 *†,理查德舒宾2,查尔斯J. Norsigian2,乔纳森M.僧2,哈德O.保尔松2和玛丽Parenteau的N.11美国加利福尼亚州莫菲特菲尔德,美国宇航局埃姆斯研究中心,空间科学和天体生物学科,外生生物学科 2加利福尼亚大学圣地亚哥分校生物工程系,加利福尼亚州拉荷亚基于纳米孔的测序技术的进步使得能够快速表征基因组和转录组。这种测序技术的新兴应用是病原菌的...原创 2021-01-24 14:08:40 · 1518 阅读 · 0 评论 -
Denoising DNA deep sequencing data—high-throughput sequencing errors and t对DNA深度测序数据进行去噪-高通量测序错误及其校正
对DNA深度测序数据进行去噪-高通量测序错误及其校正大卫Laehnemann,阿恩特·博克哈特(Arndt Borkhardt)爱丽丝·卡洛琳·麦克哈迪《生物信息学通报》,第17卷,第1期,2016年1月,第154-179页,https://doi.org/10.1093/bib/bbv029发布时间:2015年5月29日文章历史拆分视图 引用 权限图标权限 分享 ...原创 2021-01-24 13:58:59 · 2161 阅读 · 0 评论 -
Benchmarking of long-read correction methods长期校正方法的基准测试
长期校正方法的基准测试朱莉安·C·多姆(Juliane C Dohm),菲利普·彼得斯,南希·斯特拉斯(Nancy Stralis-Pavese)亨兹·希梅尔鲍尔(Heinz Himmelbauer)NAR基因组学和生物信息学,第2卷,第2期,2020年6月,lqaa037,https://doi.org/10.1093/nargab/lqaa037发布时间:2020年5月25日文章历史PDF格式 拆分视图 引用 ...原创 2021-01-24 13:45:08 · 847 阅读 · 0 评论 -
昆虫基因组DNA的优化提取,可进行长读测序
昆虫基因组DNA的优化提取,可进行长读测序通过布伦达·奥珀特(Brenda Oppert)1,*,萨曼莎·斯托斯(Samantha Stoss)1个,阿莱莎和尚1个和蒂莫西·史密斯21个美国农业部谷物和动物健康研究农业研究服务中心,美国曼哈顿学院街1515号,KS 665022美国农业部农业研究服务局美国肉类动物研究中心,克莱中心,美国东北67432*应与之联系的作者。方法协议。2019,2(...原创 2021-01-24 13:31:02 · 2048 阅读 · 0 评论