核磁干货|SPM场图校正

大家好，我是茗创科技的Sheep

最近在分析核磁任务态数据

跟大家分享一下如何用SPM做场图校正

欢迎讨论~

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SPM 场图校正

场图校正是指对成像进行静态和动态的畸变校正。

在SPM中做场图校正是通过FieldMap Toolbox 完成的。

它包括两个步骤：

1. Calculate，计算体素位移图（VDM）

2. Apply，使用VDM对成像进行校正

注：A voxel displacement map (VDM) is created that can be used with Realign & Unwarp for doing a combined static and dynamic distortion correction or with an Apply VDM function for doing a static distortion correction on a set of realigned images （SPM manual: p173）

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具体过程

No.1 计算体素位移图

1.1 对数据进行转格式

注：If two magnitude images are available, select the one acquired at the shorter echo time because it will have greater signal (SPM manual: p173).

这里我在处理的时候遇到一个问题，我首先用mricro的dcom2nii转换后两个幅值图的TE相同，然而查看原始IMA图像可以看到有两个TE，分别是4.92和7.38。于是我用脚本重新对数据进行转格式，这次生成的两个文件TE就不一样长了。下图第一个文件为短TE，第二个为长TE。这里提醒大家注意检查数据。

这里也把如何从IMA文件读取信息的方法贴了出来。

由于前面使用的转格式软件转出来的数据有些问题，于是我从博士师兄那里打听到了一个新软件-MRIcroGL。这个软件将原始文件转换为nii后会输出相关信息在一个文件夹。例如number of echos, echo spacing等。这些信息很重要，后面还会用到。

如需该软件，请在评论里留言或联系微信号 17373158786 即可获得。

1.2 计算体素位移图

确认total EPI readout time填什么，

花了我一些时间，

这里把过程详细贴出来，

欢迎大家讨论。

SPM manual这么描述这个参数。

在使用mricrogl转格式获得的.json文件中有该参数信息。

可以看到，这里有Echo spacing o和effective echo spacing，应该用哪个来计算呢？

四处查阅资料后，我翻到了关于total EPI readout time的另一种解释。

基于我的数据，

Effective echo spacing乘以number of echos（相位编码步级数）得到的值 (0.02997) 

和1/BandwidthPerPixelPhaseEncode的值 (0.0302398) 相似。

根据SPM manual，回波时间不包括激发时间，延迟和饱和时间，在问过尹老师后，决定采用Effective echo spacing进行计算，即111*0.00027(s)【填入SPM的值单位要为ms】。

No.2 应用体素位移图

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完，感谢阅读。

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