尝试使用相似度图的方法来可视化每个原子对特定描述符的贡献。 虽然使用了相似图(SimilarityMaps),但它们仅基于每个原子的贡献而可视化,与分子的相似性无关。
导入库
from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw, rdMolDescriptors
from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
from rdkit import DataStructs
import pubchempy as pcp
%matplotlib inline
载入数据
taxol = pcp.get_compounds('Paclitaxel', 'name')
taxol = taxol[0]
sm = taxol.canonical_smiles
taxol_mol = Chem.MolFromSmiles(sm)
相似度图和原子贡献率
该方法可以基于每个原子对分子特性的贡献权重进行可视化。
weights = SimilarityMaps.GetAtomicWeightsForFingerprint(taxol_mol,taxol_mol, SimilarityMa