RDKit | 基于Fraggle算法评估化合物的相似性

最新推荐文章于 2023-07-13 14:06:37 发布
最新推荐文章于 2023-07-13 14:06:37 发布
阅读量2k 收藏
点赞数 1
分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI
本文为博主原创文章，未经博主允许不得转载。
本文链接：https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/102795069
版权

        当评估分子相似性时，经常使用基于分子指纹的Tanimoto系数。该方法本身没有问题，但是使“相似”的原因因情况而异，因此存在新的相似性确定方法的空间。Fraggle就是一种特殊的相似性评估算法。

 

Fraggle与现有相似度评估方法之间的差异

        Fraggle是用于考虑GSK中分子相似性的方法之一，最初是在2008年使用Daylight工具包实现的。RDKit 从2013.09版本开始可用。

        Fraggle开发的动机是响应“分子中心的精细结构变化”。具体地，列出下列氮杂吲哚衍生物的位置异构体作为实例。

通过ECFP4指纹评估的这些分子的相似性似乎是0.65

了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
DrugAI
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 打赏
    打赏
  • 0
    评论
专栏目录
订阅专栏
RDKIT | 基于分子指纹的分子相似性
发呆的比目鱼的博客
06-20 2657
RDKIT | 基于分子指纹的分子相似性
RDKit|通过Recap和BRICS对分子拆解与合成
最会设计的科研狗
05-22 2290
文章目录Recap和BRICS对分子拆解与合成1.Recap拆解2.BRICS拆解3.BRICS合成 Recap和BRICS对分子拆解与合成 1.Recap拆解 另一个与化学反应相关的功能是Recap，Recap可以模仿实验室中的正向合成过程来进行逆向操作，对分子进行一系列的转换与分解，最终得到一组合理的分子片段。Recap可以对拆解过程进行追踪，并形成类似树的数据结构。原始分子记为根节点（root），被拆解的分子记为父节点（parent），拆解得到的分子记为子节点(children)，某节点下的所有分支节
Rdkit| 相似性计算
最新发布
发呆的比目鱼的博客
07-13 1377
Rdkit| 相似性计算
Fraggle攻击的原理
热门推荐
芝兰生于深谷，不以无人而不芳
05-07 1万+
攻击介绍： 类似于Smurf，使用UDP应答消息而非ICMP。UDP端口7（ECHO）和端口19（Chargen）在收到UDP报文后，都会产生回应。在UDP的7号端口收到报文后，会回应收到的内容，而UDP的19号端口在收到报文后，会产生一串字符流。它们都同ICMP一样，会产生大量无用的应答报文，占满网路带宽。攻击者可以向子网广播地址发送源地址为受害网络或受害主机的UDP包，端口号用7或19.子网络
指纹识别
JoggingPig的博客
12-15 411
指纹识别是啥？ 直接见维基百科：https://zh.wikipedia.org/wiki/%E6%8C%87%E7%BA%B9%E8%AF%86%E5%88%AB 在移动设备开发中常用的是电容指纹、光学指纹，超声波指纹不常用； 光学指纹一般会作为屏下指纹使用，同OLED屏搭配； 电容指纹一般为后置指纹、侧边指纹； ...
rdkit获取分子指纹
sunshinggg的博客
04-13 1153
通过rdkit包，获取分子指纹ecfp4 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem X = '[Br:117][c:3]1[cH:4][c:5]([C:9]2([CH2:12][C:13]([Cl:16])([Cl:15])[Cl:14])[CH2:11][O:10]2)[cH:6][cH:7][cH:8]1' mol = Chem.MolFromSmiles(X) fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBit
fraggle攻击.docx
09-30
fraggle攻击.docx
如何利用路由器做到防止DoS洪水攻击
03-03
1. DoS攻击的类型：DoS攻击主要分为Smurf、SYN Flood和Fraggle三种，Smurf攻击使用ICMP数据包阻塞服务器和其他网络资源，SYN Flood攻击使用数量巨大的TCP半连接来占用网络资源，Fraggle攻击与Smurf攻击原理类似，...
软考信息安全工程师知识15.pdf
05-12
哈希函数是一种将任意长度的输入转化为固定长度输出的算法，常用于数据完整性校验。哈希算法如MD5、SHA-1、SHA-256等，它们在密码存储、文件校验等方面发挥着重要作用。 以上知识点构成了信息安全工程师的基础知识...
常见网络攻击手段.docx
09-30
* IP Spoofing攻击：攻击者生成一个带有伪造源地址的报文，对于使用基于IP地址验证的应用来说，此攻击方法可以导致未被授权的用户可以访问目的系统，甚至是以root权限来访问。 * Land攻击：攻击者把TCP SYN包的源...
ParaSim:分子相似性的并行计算-开源
04-29
大型化合物数据库的多样性评估和比较需要在可承受的时间内计算数百万种化合物的相似性。 ParaSim通过根据一台计算机上可用的计算内核数量并行化计算来解决这一挑战。 针对大量查询结构相对于大量引用结构的吞吐量进行了优化。 作为一项特殊功能，ParaSim允许在内存中存储和访问频繁查询的数据集作为持久性对象，从而缩短响应时间。 ParaSim基于二进制结构指纹来计算化学相似性。 它不会自行计算指纹，而是依靠第三方软件来计算。 基本上，可以存储在位数组（位集）中的所有类型的结构指纹都可以被ParaSim使用。 有关详细文档，请参见Wiki（https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/）。 反馈受到高度评价！
华为AntiDDoS12000系列防御系统详版彩页-中文版.pdf
09-23
华为的HiSecEngine AntiDDoS12000系列通过创新的分布式硬件平台，突破了传统基于CPU的安全防护性能限制，提供了业界领先的防护能力和拓展性。单机最大防御能力可达3.36Tbps，能够有效防御大流量DDoS攻击。对于新型...
基于ECFP4分子指纹的大规模分子聚类（chemfp）
wangllYN的博客
01-26 1334
使用chemfp软件进行百万级的化合物聚类
rdkit 化学指纹（fingerprint）和相似性
qq_36801966的博客
06-29 8428
文章目录一、引入所需库二、化学指纹2.1 拓扑指纹 Chem.RDKFingerprint(mol)2.2 MACCS 指纹MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)2.3 原子对Atom Pairs2.4 拓扑扭曲topological torsions2.5 摩根指纹（圆圈指纹）AllChem.GetMorganFingerprint(mol,2)2.6 摩根指纹拓展三、相似性计算3.1 基于指纹计算相似性3.1.1 方案一：基于拓扑指纹和Tanimoto相似性方法指纹计算3个分子的相似性
RDKit | 比较分子之间的相似性
DrugAI
09-11 5349
比较分子之间的相似性 获取结构和数据，将SMILES转换为RDKit分子对象，然后比较相似性。 1.导入python模块 import numpy as np import pandas as pd import seaborn as sns import matplotlib as ...
通过深度学习增强药药反应和药食反应的预测效果
Deep Dropout
04-24 1971
通过深度学习增强药药反应和药食反应的预测效果 通过深度学习增强药药反应和药食反应的预测效果 前言 背景 方法与实验 优点 缺点 相关的工作 结果 应用场景 讨论 我的想法 前言 还是不要不务正业了，重新回到DDI的怀抱之中。（笑） 这篇是PNAS（美国科学院）的论文，还是有点分量的……虽然我觉得有点水 本篇文章主要讲的是基于深度学习的药物副作用与药物宇食物的作用的预测...
RDKit|分子指纹提取、相似性比较及应用
最会设计的科研狗
05-15 1万+
文章目录一、分子指纹提取1.Topological Fingerprints2.MACCS3.Atom Pairs and Topological Torsions4.Morgan Fingerprints (Circular Fingerprints)二、相似性比较 一、分子指纹提取 1.Topological Fingerprints 也叫RDKit topological fingerprint。该算法受Daylight fingerprint启发而产生,它会计算所有介于minPath和maxPath
RDKit | 化合物库的相似性分析
DrugAI
09-17 2828
展示一种小分子数据库的相似性分析策略。 实例中使用SMILES文件，该分析可以以相同的方式从分子的SDF或其他格式文件中加载数据，只需确保使用适当的方法将分子加载到RDKit中。 导入库 import os import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from m...
RDKit | 基于不同描述符和指纹的机器学习模型预测logP
DrugAI
10-24 4311
log P(油水分配系数)是确定化合物是否适合用作药物的最重要属性之一。当前，用于计算机预测log P的大多数可用回归模型都在实验测得的log P值（PHYSPROP数据库）。但是，该数据库中的大多数化合物并不高度代表药物样化学空间。不幸的是，当前缺乏可用于训练更好的预测工具的公开可用的实验log P数据集。 此测试使用论文中发布的实验log P数据：“Large...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

DrugAI

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值