RDKit|通过Recap和BRICS对分子拆解与合成

最新推荐文章于 2023-09-21 19:25:16 发布

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分类专栏： rdkit 文章标签： python

本文链接：https://blog.csdn.net/dreadlesss/article/details/106288604

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本文介绍了使用RDKit库中的Recap和BRICS算法对分子进行拆解与合成。Recap能进行逆向合成拆解分子，形成类似树的数据结构；BRICS算法基于键是否能合成进行拆解，并提供合成功能。同时，文章提及了如何获取各个节点信息以及BRICS的可重复性设置。

摘要由CSDN通过智能技术生成

文章目录

Recap和BRICS对分子拆解与合成

Recap和BRICS对分子拆解与合成

1.Recap拆解

另一个与化学反应相关的功能是Recap，Recap可以模仿实验室中的正向合成过程来进行逆向操作，对分子进行一系列的转换与分解，最终得到一组合理的分子片段。Recap可以对拆解过程进行追踪，并形成类似树的数据结构。原始分子记为根节点（root），被拆解的分子记为父节点（parent），拆解得到的分子记为子节点(children)，某节点下的所有分支节点为子孙节点(all children)，某节点上的所有父节点为祖先节点（ultimate parents），无法继续拆解分子记为叶子节点(leaves)。所有英文翻译对应recap中的属性或方法名。

Recap算法拆解分子：Recap.RecapDecompose(mol)

>>> from rdkit.Chem import Recap
>>> from rdkit import Chem
>>> from rdkit.Chem import AllChem as Chem
>>> m = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1OCCOC(=O)CC')
>>> hierarch = Recap.RecapDecompose(m)

可以从节点对象通过函数获取其叶子节点、子孙节点，得到的都是字典，键为节点的smiles，值为节点对象。

叶子节点函数：hierarch.GetLeaves()
子孙节点函数：hierarch.GetAllChildren()
祖先节点函数，返回列表：getUltimateParents()

>>> print(hierarch.GetLeaves().keys())
dict_keys(['*C(=O)CC', '*CCO*', '*c1ccccc1', '*CCOc1ccccc1'])
>>> print(hierarch.GetAllChildren().keys())
dict_keys(['*C(=O)CC', '*OCCOc1ccccc1', '*CCO*', '*c1ccccc1', '*CCOC(=O)CC', '*CCOc1ccccc1'])
>>> print(hierarch.getUltimateParents()<