DGL | 基于深度图学习框架DGL的分子图初探

本文介绍了DGL,一个由纽约大学等机构开源的图神经网络库,它与主流深度学习框架无缝集成。重点讨论了DGL在化学领域的应用,特别是分子性质预测和图生成模型如DGMG、JT-VAE。文中还概述了如何使用DGL进行环境配置,并提供了分子图的处理示例。
摘要由CSDN通过智能技术生成

DGL简介

        纽约大学、纽约大学上海分校、AWS上海研究院以及AWS MXNet Science Team共同开源了一个面向图神经网络及图机器学习的全新框架,命名为Deep Graph Library(DGL)。

        在设计上,DGL秉承三项原则:

  1. DGL必须和目前的主流的深度学习框架(Pytorch, MXNet, Tensorflow等)无缝衔接。从而实现从传统的tensor运算到图运算的自由转换。
  2. DGL应该提供最少的API以降低用户的学习门槛。
  3. 在保证以上两点的基础之上,DGL能高效并透明地并行图上的计算,以及能很方便地扩展到巨图上。

DGL与化学

个人关注的是药物模型,用于分子性质预测,生成和优化的各种模型,DGL 致力于将GNN(图形神经网络)应用于化学领域,并且作为分子生成模型,DGMG(图形的深度生成模型)和JT-VAE(连接树变分自动编码器),并且发行说明中有一个使用DGMG的非常简单的示例。

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