JTNN
JTNN : Junction Tree Variational Autoencoder for Molecular Graph Generation
JTNN使用称为联合树算法从分子图形成一棵树。然后,模型会将树和图编码为两个单独的向量z_G
和z_T
。
JTNN是一种自动编码器模型,旨在学习分子图的隐藏表示。这些表示可用于下游任务,例如属性预测或分子优化。
基于JTNN可视化给定分子的邻居分子
导入库
import torch
from torch.utils.data import DataLoader, Subset
import argparse
from dgl import model_zoo
import rdkit
from dgl.examples.pytorch.model_zoo.chem.generative_models import jtnn
from dgl.model_zoo.chem.jtnn import JT