RDKit | RDKit中处理分子Mol对象

 

RDKit中处理分子Mol对象

 

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导入库

from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
print('rdkit version: {}'.format(rdBase.rdkitVersion))

载入数据

suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20191011152835.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not None]
len(mols)

Mol对象的组成

由于Mol对象是分子，因此它们是由原子组成的。分子是通过原子间键的形成而形成的。RDKit的Mol对象准备了Atom对象和Bond对象。

Atom和Bond对象相互链接，

• 绑定Atom对象形式的
• 哪些原子在键对象中形成键