PubChem分子库

最新推荐文章于 2024-06-26 08:47:20 发布
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分类专栏： # CentOS # Molecular Libraries # Ubuntu
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PubChem

PubChem，即有机小分子生物活性数据，是一种化学模组的数据库，由美国国家健康研究院（ US National Institutes of Health，NIH）支持，美国国家生物技术信息中心负责维护。

PubChem数据库包括 3个子数据库： PubChem BioAssay 库用于存储生化实验数据，实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献； PubChem Compound 库用于存储整理后的化合物化学结构信息； PubChem Substance 用于存储机构和个人上传的化合物原始数据。

访问PubChem网站点击打开链接

PubChem分子库下载

访问PubChem的FTP服务器

浏览化合物库，找到3D-Compound

复制想下载数据的URL

Centos7下wget命令批量自动下载分子库文件

下载前确保足够硬盘空间。

命令端运行wget -m -np空格+URL

 

wget -m -np ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/Compound_3D/01_conf_per_cmpd/SDF/

 

 

 

下载目录里面会看到不断下载下来的文件，等待下载完成！

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PubChem-compound全部分子SDF文件下载/SMILES下载-记录
yue_ailuo的博客
04-08 4159
操作流程： PubChem分子库_DrugAI的博客-CSDN博客_pubchemhttps://blog.csdn.net/u012325865/article/details/77148242 Windows下操作： 1. 下载Git for windows 2.登入服务器： ssh 账号名@ip password:(输入密码，无显示) wget -m -np ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/Compound_3D/01_conf_per_cm
pubchem批量下载
08-04
可以一次性下载pubchem数据库下的所有的compound信息
分子对接前准备（一）小分子mol文件下载及运用openbable格式转化
最新发布
DaDaLiu18的博客
06-26 1702
随后在output format下方框旁边的下拉三角选择pdb格式，点击中间的CONVERT按钮进行转换，转换成功后output below会显示转换后的信息，转换成功的文件一般储存于下载好的小分子文件内。点击1E7U，进入后点击右上方Download Files，选择PDB Format下载。在左侧input format下方框点击下拉三角符号，选择下载的SDF格式，如下图。在图中蓝色矩形小框点击选择之前下载好的小分子文件，点击打开。下载好后打开Openbable 软件，如下图所示。
pubChem下载
weixin_30297281的博客
10-10 1008
FileZilla 转载于:https://www.cnblogs.com/carol-wei/p/7643746.html
利用化合物名称从PubChempy中批量下载化合物信息
weixin_47634487的博客
11-08 662
【代码】利用化合物名称从PubChempy中批量下载化合物信息。
PubChem数据库入门：关键词检索等核心功能精讲
a13981820402的博客
06-06 824
数据库属于NCBI旗下，截至2024年6月，该数据库收录11800万种化合物结构信息（Compounds子库），31800万种用户上传的化合物数据（Substance子库），29500万种实验结果或文献支持的化合物生物活性数据（BioAssay子库），其中还包含4100万篇相关文献和5100万相关专利，以及113242个靶基因、247611个靶蛋白和241163条通路信息，引用数据来源总计995个。
生物信息学_分子数据库（一）分子数据库概述
金石就好的博客
07-04 1638
为什么需要分子数据库？ 数据库记录包括两部分： 1.原始序列数据 2.描述原始数据的生物学信息的注释 随着研究的积累，生物信息数据越来越多，且在研究中，如果仅仅知道数据的来源 而对其他方面知之甚少，研究也会变得极为困难。 所以为了研究的便利，能够对数据进行存储共享和使用，所以分子数据库应运而生。 分子数据库 数据库数量多 数据库种类复杂 数据量巨大且不断增长 数据间关系复杂 数据存在冗余和偏差 版本不断更新 提供开源web服务 分子数据库种类繁多，但是主要可以分为三大类： 1.核酸数据库 2.蛋白质数据库
dna编码库_Angew. Chem. | DNA编码动态分子库用于抑制剂筛选
weixin_30982425的博客
01-03 754
大家好，今天跟大家分享一篇发表在Angew上的文章，文章的通讯作者是香港大学化学系和合成化学国家重点实验室的李笑宇教授，该课题组的研究方向主要是药物筛选与发现以及活性分子的靶标鉴定等。动态组合库(DCL)和DNA编码化学分子库(DEL)在生物医学研究中被广泛用于药物配体的发现，该课题组在之前的研究中，将动态DNA杂交和双重药效团DEL结合，开发了DNA编码动态分子库(DEDL)，并将其应...
虚拟筛选涉及的小分子数据库
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08-27 3万+
药物设计和虚拟筛选依赖化学信息学和生物信息学中大量的靶点、小分子以及靶点-小分子相互作用星系。从大量的有机化合物中有效地遴选出可能有候选化合物，避免了对化合物盲目地活性筛选，从而降低了发现活性先导化合物的人力、时间和财力成本。本文简单介绍一些药物设计和虚拟筛选设计的分子库。 Virtual Screening protocol 非商业数据库 ZINC 点击打开链接ZINC15 ...
PubChem介绍及API及PubChempy
AIChemist
06-05 4774
PubChem，即有机小分子生物活性数据，是一种化学模组的数据库，由美国国家健康研究院（ US National Institutes of Health，NIH）支持，美国国家生物技术信息中心负责维护。PubChem Compound用于存储整理后的化合物化学结构信息PubChem Substance用于存储机构和个人上传的化合物原始数据PubChem Bioassay用于存储生化实验数据，实验数据来自于高通量筛选和文献。
如何使用pubchem的bulk download功能
recher_He1107的博客
05-22 3173
好像还是有同学不会,就写个教程把 puchem的上传分为compound 和assay 那下载同样也就分为这两种连接分别是 化合物:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc_fetch/pc_fetch.cgi 实验:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/assay/assaydownload.cgi 其上传方式都很简单: 上传只含AIDHUOZHE ...
pubmed使用简易教程
03-30
PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。
使用 PubChem 进行编程搜索 - Ingenol 示例：PubChem 可重复搜索用例：使用 Ingenol 执行相似性搜索并编译自定义属性数据集。-matlab开发
05-29
PubChem是一个由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的庞大化学信息库，它包含了大量的化学结构、生物活性数据以及相关的化学文献信息。本案例以"使用 PubChem 进行编程搜索 - Ingenol 示例"为主题，主要展示了...
PubChem的Python接口PubChemPy
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PubChem PubChem，即有机小分子生物活性数据，是一种化学模组的数据库，由美国国家健康研究院（ US National Institutes of Health，NIH）支持，美国国家生物技术信息中心负责维护。 PubChem数据库包括 3个子数据库： PubChem BioAssay 库用于存储生化实验数据，实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献； PubChem Compoun...
PubChemPy | 化合物数据库PubChem与Python结合
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化学数据库类型 最著名的数据库是由美国化学学会管理的CAS，但是根据化合物的性质和用途，还有许多其他数据库。 类型 说明 CAS 由美国化学学（ACS）会经营，非常庞大。 PubChem 美国国立卫生研究院（NIH）下面NCBI运营的数据库 ChemSpider 英国化学会拥有的化合物数据库 ZINC15 收集主要用于虚拟筛选的市售化合物数据库 ...
2019.4.5 pubchem批量下载信息的网站
qq_43569210的博客
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PubChem Download Service
pubchem的官方API - PUG REST的使用教程(持续更新)
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以URL为基础的API分为4个部分 input specification--------------------------------------------------------输入 operation specification--------------------------------------------------操作 output specification---...
根据SID或者CID下载PUBCHEM数据库的smile信息(总结版)
recher_He1107的博客
08-01 5771
PUBCHEM下载smile使用PUBCHEMbulk download功能把smile列加入到源文件中 使用PUBCHEMbulk download功能 参见我的一篇博文如何使用pubchem的bulk download功能 把smile列加入到源文件中 废话少说 上代码 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Wed Sep 11 10:16:11 2019 @author: 86177 """ import os import pandas as pd imp
PubChem网站的反应库怎么下载
07-10
要从PubChem网站下载反应库，可以按照以下步骤进行操作： 1. 访问PubChem网站的主页：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ 2. 在搜索栏中输入相关的反应或化合物的关键词，并点击搜索按钮。 3. 在搜索结果页面中，可以使用筛选器或其他相关选项来进一步缩小搜索范围，以找到所需的反应库。 4. 找到目标反应库后，点击反应库名称或相关链接，进入反应库的详细页面。 5. 在反应库的详细页面中，你将看到一些选项和下载按钮。查找并点击适当的下载按钮。 6. 在下载选项中，选择所需的文件格式。对于反应库，可以选择 .csv 格式。 7. 点击下载按钮，开始下载所选的反应库文件。 请注意，具体的界面和步骤可能会因PubChem网站的更新而有所变化。如果在下载反应库时遇到困难，可以查看网站上提供的帮助文档或联系PubChem支持团队以获取进一步的指导。
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