dna编码库_Angew. Chem. | DNA编码动态分子库用于抑制剂筛选

大家好，今天跟大家分享一篇发表在Angew上的文章，文章的通讯作者是香港大学化学系和合成化学国家重点实验室的李笑宇教授，该课题组的研究方向主要是药物筛选与发现以及活性分子的靶标鉴定等。

动态组合库(DCL)和DNA编码化学分子库(DEL)在生物医学研究中被广泛用于药物配体的发现，该课题组在之前的研究中，将动态DNA杂交和双重药效团DEL结合，开发了DNA编码动态分子库(DEDL)，并将其应用于蛋白质配体的筛选中(J. Am. Chem. Soc. 2018, 140, 15859)。但是，目前所有的DEDL都仅限于片段识别，并且筛选后需要通过化学手段进行片段连接，形成完整配体，在此过程中，寻找合适的linker以实现片段的协同结合具有很高的挑战性。本文介绍了一种不需要筛选后片段连接的DEDL方法，该方法基于“锚”定向(anchor-directed)的动态交换和in situ hit分离策略，直接获得无需片段连接的高亲和性配体。

作者首先将带有醛基的“锚”与含伯胺的DEL一起孵育，DNA编码的构造块(building block，BB)的伯胺与“锚”的醛基发生醛胺缩合反应形成亚胺，该可逆反应能够实现BB与“锚”的竞争性锚定，形成DEDL。 通过加入靶标蛋白改变反应的平衡并促进高亲和力结合剂的形成，之后通过NaBH 3 CN介导的亚胺还原，停止动态交换。 为了从受体上解离目标的“锚-BB偶联物”，作者设计了一种in situ hit分离策略： 亚胺还原后，添加生物素磺基-N-羟基琥珀酰亚胺酯(bio-NHS)以捕获BBs上的伯胺，此时“锚-BB偶联物”由于空间位阻等原因所含仲胺与bio-NHS的反应性低，从而可以用链霉亲和素将高亲和性配体与生物素化的BB分开，然后进行命中蛋白的鉴定。 该设计需要使用已知的binder作为“锚”，它不一定是高亲和性配体，可以是亲和力较弱的小片段，也可以是蛋白质天然底物的一部分。 因此，该配体优化的方法适用于具有已知binder的蛋白质。

作者通过实验验证了in situ hit 分离策略中，bio-NHS能够特异性捕获伯胺，而DEDL中的仲胺由于空间位阻大不会被bio-NHS捕获。之后，分别以碳酸酐酶II(CA-II)、溴结构域4(BRD4)的BD1/BD2结构域、乙酰胆碱酯酶和X连锁凋亡蛋白抑制剂为靶标蛋白，设计了不同的DEDL，对该方法进行了验证和应用，并鉴定出一些活性显著增加的选择性BD1 / BD2抑制剂。

总之，本文开发了一种无需筛选后片段连接的DNA编码动态分子库，为抑制剂的发现提供了新方法。

本文作者：Cheny

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/anie.202005070

原文引用：DOI: 10.1002/anie.202005070