linux 下载pubchem文件

参考这篇

# 简单来说即使这样下载，注意check路径，以ftp开头而非http
wget -c -m -np ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/Compound_3D/01_conf_per_cmpd/SDF/

# SMILE还不会下载，提供的路径不对，在摸python脚本下载
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/Compound/Extras/CID-SMILES.gz

sdf转smile

续：关于PubChempy的使用

根据化合物CID列表一次性批量获取相应SMILES的方法：

import requests
 
# get SMILES
cids='216416,65028,2764'
 
url = 'https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/property/CanonicalSMILES,title/CSV'
headers = {"content-type":"application/x-www-form-urlencoded"}
data={"cid":cids}
 
res = requests.post(url,data=data,headers=headers)
print (res.text)
 
# write to csv
with open('result.csv', 'w', encoding='UTF8') as f:
    f.write(res.text)
    f.close

利用化合物名称从PubChempy中批量下载化合物信息