Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit(修正)

Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit(修正)

一、RDKit简介

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前面写的一篇CentOS 7下安装RDkit的文章,在测试的时候有很多报错,且不支持InChI和Avalon toolkit,后面使用中经常会报错。

现在更新一下新的测试全通过的安装方法。

二、安装环境

系       统:CentOS 7.3(64位)

硬件环境:

三、安装过程

安装boost库

 

python2 -m pip install boost  #视自己安装命令而定 


安装依赖

 

 

 

 

yum install cmake tk-devel readline-devel zlib-devel bzip2-devel sqlite-devel


RDKit安装过程(安装在/opt文件夹下)

 

 

 

 

tar zxvf rdkit-Release_2017_09_1.tar.gz  
mv rdkit-Release_2017_09_1 rdkit  
cd opt/rdkit  
mkdir build  
cd build  
cmake -DBOOST_ROOT=/opt/rdkit -DRDK_BUILD_PYTHON_WRAPPERS=OFF -DRDK_BUILD_INCHI_SUPPORT=ON -DRDK_BUILD_AVALON_SUPPORT=ON ..  
make -j14  
make install  
ctest 

 

环境变量配置(根据自己的安装文件夹简单修改)

 

 

 

 

gedit ~/.bashrc    
    
#RDkit    
export RDBASE=/opt/rdkit      
export PYTHONPATH=$RDBASE  
export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib:/opt/rdkit/lib  
  
source ~/.bashrc 


安装后测试:

 

 

 

 

from rdkit import Chem  
from rdkit.Chem import Draw  
  
def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):    
    mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)  
    #mol_name ='/home/liuwei/' +  mol_name + '.jpg'  
    mol_name = mol_name + '.jpg'  
    Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)  
  
if __name__ == '__main__':  
    depict_pic(mol_name = 'test') 

 

 

 

 

 

期待下一篇关于支持InChI和Avalon toolkit的代码测试。。。

 

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