RDKit：运用RDKit计算USRCAT

最新推荐文章于 2023-03-04 20:50:17 发布

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分类专栏： # Python RDKit | 化学信息学与AI

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本文介绍了如何利用RDKit库进行USRCAT计算。USRCAT是一种快速的形状匹配方法，用户需先安装相关代码。文章提供了一个RDKit实现的代码示例，并展示了在Jupyter Notebook中的运行效果。

摘要由CSDN通过智能技术生成

USRCAT

USRCAT是基于形状的方法，它的工作速度非常快。代码是免费提供的，如果要使用代码，用户需要安装它。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3505738/

RDKit代码：

import os
import seaborn as sns
import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdBase
from rdkit.Chem import RDConfig
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.rdMolDescriptors import GetUSRScore, GetUSRCAT
from rdkit.Chem import DataStructs
print( rdBase.rdkitVersion )

mols = [ mol for mol in Chem.SDMolSupplier( "cdk2.sdf" ) ]
for mol in mols:
    AllChem.Embed

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