RDKit：化合物骨架分析（基于Python3）

最新推荐文章于 2024-07-01 16:24:55 发布

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分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI 文章标签： Chemoinformatics Python RDKit 化学信息学

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本文介绍如何利用Python3和RDKit库进行化合物的骨架分析。通过代码实例，展示了在化学信息学中进行骨架提取的过程，但实际代码需要配合特定数据集运行，详情可联系博主获取数据。

摘要由CSDN通过智能技术生成

基于RDKit的骨架分析

代码实例：

# In[1]:
#!/usr/bin/env python3

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Scaffolds import MurckoScaffold

# In[2]:

drugbank_input = Chem.SDMolSupplier('drugbank.sdf')
drugbank = [m for m in drugbank_input if m]

# In[3]:

basic_structure = drugbank[222]
atomic_scaffold = MurckoScaffold.GetScaffoldForMol(basic_structure)
atomic_scaffold.Compute2DCoords()
graph_scaffold = MurckoScaffold.MakeScaffoldGeneric(atomic_scaffold)
Draw.MolsToGridImage([basic_structure, atomic_scaffold, graph_scaffold])

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