Bioinformatics Armory第3题:GenBank Introduction

Problem

GenBank comprises several subdivisions:

Searching the Nucleotide database with general text queries will produce the most relevant results. You can also use a simple query based on protein name, gene name or gene symbol.

To limit your search to only certain kinds of records, you can search using GenBank's Limits page or alternatively use the Filter your results field to select categories of records after a search.

If you cannot find what you are searching for, check how the database interpreted your query by investigating the Search details field on the right side of the page. This field automatically translates your search into standard keywords.

For example, if you search for Drosophila, the Search details field will contain (Drosophila[All Fields]), and you will obtain all entries that mention Drosophila (including all its endosymbionts). You can restrict your search to only organisms belonging to the Drosophila genus by using a search tag and searching for Drosophila[Organism].

Given: A genus name, followed by two dates in YYYY/M/D format.

Return: The number of Nucleotide GenBank entries for the given genus that were published between the dates specified.

GenBank包括几个细分:

使用常规文本查询搜索核苷酸数据库将产生最相关的结果。您也可以使用基于蛋白质名称,基因名称或基因符号的简单查询。

要将搜索限制为仅某些类型的记录,可以使用GenBank的“限制” 页面进行搜索,或者Filter your results在搜索后使用该字段选择记录的类别。

如果找不到您要搜索的内容,请通过调查Search details页面右侧的字段来检查数据库如何解释您的查询。此字段会自动将您的搜索转换为标准关键字。

例如,如果您搜索Drosophila,则该Search details字段将包含(Drosophila[All Fields]),并且您将获得所有提及果蝇的条目(包括其所有的共生菌)。 通过使用搜索标记并搜索,可以将搜索范围仅限制于果蝇 的生物Drosophila[Organism]

鉴于:名,然后在YYYY / M / d格式的两个日期。

返回值:在指定的日期之间发布的给定属的Gentle核苷酸GenBank条目数。

Sample Dataset

Anthoxanthum
2003/7/25
2005/12/27

Sample Output

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