自定义nnUNet预处理部分的Patch size和Batch size

最新推荐文章于 2023-10-07 21:19:10 发布

yanglei29029

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文章标签： batch python 人工智能

本文链接：https://blog.csdn.net/u012512501/article/details/128857746

版权

nnUNet 推理部分

参考官方教程中的edit_plans_files.md文件官方教程链接

数据预处理

下面是nnUNet默认的数据预处理脚本指令，运行完之后会在nnUNet_preprocessed文件夹下产生预处理完后的数据和pkl计划文件，我们需要修改的patch和batch就存储在这些pkl文件中。

nnUNet_plan_and_preprocess -t XXX --verify_dataset_integrity

预处理后产生的众多文件

修改nnUNetPlansv2.1_plans_3D.pkl

# 注意新生成的pkl的存储路径一定是在原pkl同一个文件夹下
import pickle
from batchgenerators.utilities.file_and_folder_operations import *
import numpy as np

#源plans文件的路径，基于该文件进行修改,这个保存batchsize的文件在processed文件夹对应的任务id下，请根据实际情况修改下面路径
path