nnUNet 推理部分
参考官方教程中的edit_plans_files.md文件官方教程链接
数据预处理
下面是nnUNet默认的数据预处理脚本指令,运行完之后会在nnUNet_preprocessed文件夹下产生预处理完后的数据和pkl计划文件,我们需要修改的patch和batch就存储在这些pkl文件中。
nnUNet_plan_and_preprocess -t XXX --verify_dataset_integrity
修改nnUNetPlansv2.1_plans_3D.pkl
# 注意新生成的pkl的存储路径一定是在原pkl同一个文件夹下
import pickle
from batchgenerators.utilities.file_and_folder_operations import *
import numpy as np
#源plans文件的路径,基于该文件进行修改,这个保存batchsize的文件在processed文件夹对应的任务id下,请根据实际情况修改下面路径
path