超过10000个原子的pdb文件通过MKTOP转换为top文件的解决办法

本人在做课题时候遇到一个问题,对于分子动力学(MD)把文件转换成gromacs可用文件时:

我们用某些软件生成PDF文件,但如果超过10000个原子,那么生成的PDF文件关于键连接的时候,会连结在一起

我们想要通过MKTOP文件转换PDB为TOP,从而通过gromacs跑程序,我们必须的做一些修改。否则直接报错为

You said we could use PDB Conect information (default choice) but we did not find information for atom 10000.

研究了一下源代码,人家是通过空格分离数字的,所以会报错

(1)把所有的数字后面加入空格

(2)我们加入空格之后,如果直接放入到MKTOP中运行,那肯定报错:

Defining bond orders for alkene carbons...
Defining bonded terms...

Illegal division by zero at ./mktop_2.2.1.pl line 2770, <FF> line 1309.

分析源代码可知,这个原因是2770行的除数为0,为啥,因为我们只有一条键连接的原子后面有空格,然后默认第三个值为0了

(3)去除空格,通过CTRL+F,然后选择替换,在 “查找目标” 上面输入: \r\n

“替换为" 输入:\r\n

注意,在查找目标中\r\n最前面多一个空格,替换为里面没有空格!!!!!!

查找模式为拓展,勾上选区范围内,之后手动选中10000以后的那些CONECT,一口气替换掉所有

接下来,放入LINUX中运行把,肯定不会出错了!

PS:不要忘记,可能在第10000个原子的前面会有一个额外的原子需要手动的加个或减一个空格哈!

最后,用vim去除里面的^M,打开用MKTOP生成的文件,然后输入" :%s/^M//g " ,这里面的^M,必须使用键盘按CTRL+v,然后按CTRL+M输入,这样TOP文件就生成啦!

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