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化学
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计算化学系列教程-新地址
最新更新视频:计算化学-6.5节 氢原子计算化学-6.6节 氢原子波函数观看地址:(包括全部1.1~6.6节内容):https://www.bilibili.com/video/BV13P4y1P78k?share_source=copy_web同时欢迎关注我的B站新家:“盛京之魂”https://space.bilibili.com/7841254我的CSDN博客:https://blog.csdn.net/u013631121距离上次录制视频已原创 2022-02-05 00:45:12 · 497 阅读 · 0 评论 -
Gromacs中trr文件转换为可读文件方法
因为trr不可读,所以需要转换成坐标文件进行读取。准备好结果文件中的trr和gro文件,然后运行以下代码:gmx trjconv -f xxx.trr -s xxx.gro -o out.gro-f和-s中的参数为我们结果文件中的trr和gro文件;-o后面的是输出的可读文件。导出后的文件可以用记事本读写,如果文件过大,用下面JAVA代码读取:public class readGromacs { public static void main(String[] args) thro原创 2020-10-09 18:25:30 · 2594 阅读 · 1 评论 -
计算化学系列教程-第六章-氢原子(1)
计算化学-第六章-氢原子6.1 中心力https://v.qq.com/x/page/g31501593ii.html6.2 不相互作用的粒子与分离变量法https://v.qq.com/x/page/x3150cwpokq.html6.3 相互作用的两个粒子https://v.qq.com/x/page/l3150q6lkwu.html6.4 两粒子刚性转子https://v.qq.com/x/page/z3150exu8a2.html——————————————.原创 2020-09-12 19:22:34 · 293 阅读 · 1 评论 -
计算化学系列教程-第五章-角动量
计算化学第五章-角动量本次有3节课程,分别为:5.1-运算符的一些定理:https://v.qq.com/x/page/i31475tbom1.html5.2 矢量:https://v.qq.com/x/page/a3147tl0v2x.html5.3 角动量5.3.1 经典力学,量子力学单粒子轨道角动量运算符:https://v.qq.com/x/page/h3147mtd9n5.html5.3.2 单粒子轨道角动量特征向量与特征值:https://v.qq.com原创 2020-09-05 20:27:38 · 605 阅读 · 0 评论 -
VMD读取trr轨迹的方法
如果直接把gromacs的结果导入vmd,那么空空如也,我们需要点击如下按钮:接着输入:molload gro nvt.gro trr nvt.trr其中nvt.gro以及nvt.trr文件需要换成你们自己跑的结果文件。然后我们就会看到读取成功啦。...原创 2020-04-26 21:52:03 · 5833 阅读 · 2 评论 -
ACPYPE中FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'FFF_AC.prmtop'的解决方法
大家如果在github上面下载ACPYPE (https://github.com/t-/acpype),放入到LINUX上面安装后,百分百报错,出现的问题如下:[root@pdynamo test]# ../acpype.py -i FFF.pdb========================================================================...原创 2020-04-17 15:59:16 · 10843 阅读 · 0 评论 -
超过10000个原子的pdb文件通过MKTOP转换为top文件的解决办法
本人在做课题时候遇到一个问题,对于分子动力学(MD)把文件转换成gromacs可用文件时:我们用某些软件生成PDF文件,但如果超过10000个原子,那么生成的PDF文件关于键连接的时候,会连结在一起我们想要通过MKTOP文件转换PDB为TOP,从而通过gromacs跑程序,我们必须的做一些修改。否则直接报错为You said we could use PDB Conect info...原创 2020-04-11 14:50:32 · 1093 阅读 · 2 评论 -
点群不可约表示的通俗易懂讲解
在大家读化学教材时候,好多人看到点群的不可约表示这块之后,就直接懵B了,根本看不懂。之后就有好多人直接放弃学习了。有人直接和我讲,点群的不可约表示直接到化学之家(https://zh.webqc.org/)查多好?用得着你自己判断吗?听到说这话的人,我十分地火大!(别人吃过饭了,你就不吃了?)本人认为,做纯理论研究要“直线走路”,绝对不能搞什么“弯道超车”。在我看来弯道超车就是弯!道!翻!车!...原创 2019-10-03 10:59:03 · 22667 阅读 · 7 评论 -
以量子化学为例,谈软课题如何入门
近期有很多同学问我理论科学如何入门,还有N多的人让我教他们。我听了这句话有些茫然,也不知道怎么回答怎么教。因为对于做理论科学,也就是做“软课题”,属于发散型课题,并不是能速成的。为了满足大家,教大家入门软课题的方法——直线走路,那么我在这里写一个方法论,希望大家喜欢。先来说说实验科学,也就是我国大多数人在读书期间所做的“硬课题”。鄙人也在博士研究生时候学习过实验科学,并做过些许的实验,对于实验...原创 2019-09-30 20:04:13 · 773 阅读 · 0 评论 -
计算化学系列教程-第四章-一维谐振子
第四章-一维谐振子本次有3节课程,分别为:4.1 一维谐振子https://v.qq.com/x/page/a0902106f9h.html?ptag=qqbrowser4.2 原子的振动https://v.qq.com/x/page/i090281hj64.html?ptag=qqbrowser4.3 数值求解薛定谔方程https://v.qq.com/x/page/...原创 2019-07-22 19:48:30 · 1017 阅读 · 0 评论 -
计算化学系列教程-第三章-运算符与特征方程
第三章-运算符与特征方程本次有7节课程,分别为:1.运算符与特征方程(Operator and Eigenfunction)https://v.qq.com/x/page/o0876v78gr5.html?ptag=qqbrowser2.运算符与量子力学https://v.qq.com/x/page/s0876fbmvg5.html?ptag=qqbrowser3.三维多粒...原创 2019-07-22 19:46:37 · 349 阅读 · 0 评论 -
计算化学系列教程-第一章-薛定谔方程
计算化学第一章-薛定谔方程本次有6节课程,分别为:1.计算化学介绍https://v.qq.com/x/page/c0871qwb1cw.html2.量子力学历史https://v.qq.com/x/page/m0871j8znh1.html3.测不准原则https://v.qq.com/x/page/j0871uusszv.html4.以时间为变量的薛定谔方程...原创 2019-05-17 22:00:42 · 1495 阅读 · 0 评论 -
计算化学系列教程-第二章-在箱子中的粒子
本次有4节课程:1.在箱子(一维)中的粒子https://v.qq.com/x/page/m0873f9v0ll.html2.矩形井https://v.qq.com/x/page/b0873spcxlt.html3.自由粒子https://v.qq.com/x/page/d0873fal1l5.html4.隧道https://v.qq.com/x/page/g087...原创 2019-05-26 10:27:52 · 280 阅读 · 0 评论