VMD读取trr轨迹的方法

最新推荐文章于 2025-05-20 17:36:57 发布
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分类专栏： 化学
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如果直接把gromacs的结果导入vmd，那么空空如也，我们需要点击如下按钮：

接着输入：mol  load gro nvt.gro trr nvt.trr

其中nvt.gro以及nvt.trr文件需要换成你们自己跑的结果文件。

然后我们就会看到读取成功啦。

生物分子仿真软件：AMBER_（10）.分子动力学轨迹分析
kkchenjj的博客
03-18 607
分子动力学轨迹分析是生物分子仿真中的重要步骤，通过 AMBER 提供的cpptraj工具，可以高效且准确地提取和分析轨迹文件中的信息。本文详细介绍了轨迹文件的读取和处理方法，以及多种基本和高级的分析技巧，包括距离分析、角度分析、二面角分析、RMSD 分析、RMSF 分析、氢键分析、聚类分析、自相关函数分析、二维自由能面分析、原子密度图分析和结合自由能分析。此外，还提供了使用 VMD 进行可视化和使用 Python 和 R 进行数据处理的方法。通过这些工具和技巧，可以更好地理解分子的动力学行为和相互作用机制。
vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz
04-07
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VMD导入GRMOCAS生成的轨迹文件
sinat_31687035的博客
06-05 4257
gromacs轨迹文件导入VMD详细步骤
md-analysis-tools:使用 VMD 分析分子动力学轨迹的脚本
06-03
md-分析工具 使用 VMD 分析分子动力学轨迹的脚本 描述 脚本将在给定 .gro 和 .xtc/.trr 文件的情况下运行分析。 （它期待 GROMACS 输出，但可以轻松调整其他类型的 MD 包输出）。 大多数分析目录（比如local-rmsd ）都有一个关联的 tcl 文件（比如local-rmsd.tcl ）=，它实际上是通过 vmd 传递的，这会产生大量难以理解的输入。 local-rmsd.py然后处理此输入并以人类（和“R”）可读格式将其吐出。 可以使用每个目录中的run-me.sh脚本对多个文件运行分析。 分析目录有时具有关联的.R文件，用于绘图和/或进行进一步分析。
VMD 可视化Amber top和crd文件
发呆的比目鱼的博客
03-05 3258
VMD 可视化Amber top和crd文件
Gromacs轨迹相关
yin1331102028yin的博客
01-08 902
会写py的话 可以用https://www.mdanalysis.org/最近GSoC找人好好重写了一下文档 应该看起来容易多了。
如何用VMD将轨迹文件制作动画（转载）
weixin_30732487的博客
05-12 5875
转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_63f794950101dtte.html 很多同学想从dcd(NAMD)或者trr(gromac)文件提取一段轨迹文件做成动画。我们接下来看看该怎么做。这里拿Gromacs举例，NAMD也差不多。 第一步：提取轨迹。 往往轨迹文件很大，建议先提取其中的一段，或者把步长放大，提取完整的也行。利用指令：trjconv -f...
第一性原理分子动力学(AIMD)结果分析教程
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aa74159的博客
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与经典分子动力学不同，第一性原理分子动力学不需要提供力场参数，只需要提供原子初始结构，就能根据电子波函数正交化产生的虚拟力，求解牛顿运动方程。在运行优化任务时，VASP生成的XDATCAR记录的是优化步骤的离子构型；在运行AIMD任务时，记录的就是运动轨迹。而现阶段读取XDATCAR轨迹分析性质的后处理软件并不多，能读取的兼容性也并不好。VASPKIT0.72版本之后支持了将XDATCAR转换成通用的多帧PDB文件的功能（504）以便可视化并进行后处理分析。但是并没有提供后处理分析接口，因此我们开发了一个P
VMD程序,vmd程序怎么在matlab上运行,matlab
08-09
VMD支持多种文件格式，包括PDB、MOL2、GRO等，用于加载分子结构，以及DCD、TRR等用于加载分子动力学轨迹。在MATLAB中处理这些数据时，你可以先使用MATLAB的内部函数（如`pdbread`或`trajin`）读取文件，然后通过VMD...
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首先，VMD程序通常用于处理分子动力学模拟的轨迹文件，如PDB、TRR、DCD等格式。这些文件包含了分子系统随时间变化的信息。在Matlab中运行VMD，我们首先需要安装VMD并确保其在系统路径中可找到。然后，可以利用Matlab...
VMD程序,vmd程序怎么在matlab上运行,matlab源码 (2).zip
10-15
VMD通过图形用户界面（GUI）允许用户加载分子结构文件（如PDB、TRR、DCD等），并提供丰富的视图调整选项，包括旋转、平移、缩放等。此外，VMD还支持多种插件，用于扩展其功能，如能量计算、轨迹分析、分子对接等。 ...
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07-26
VMD是一款新型分子模拟做图软件，使用简便，上手容易，可与amber，NAMD，GROMACS等软件连用
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它还可以生成分子动力学轨迹的动画，并支持不同类型的轨迹文件，如DCD、XTC、TRR、H5等。 4. 交互式图形用户界面：VMD拥有一个用户友好的图形界面，用户可以通过菜单、工具栏以及快捷键来快速进行操作。同时，VMD还...
VMD查看蛋白质-配体的分子动力学模拟轨迹
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DJJ5210的博客
05-20 357
这里的轨迹是100ns，10000帧，如图0代表第一帧，10001是最后一帧，10代表每10帧保存一帧，保存文件类型为trr，命名时候trr要自己打上。我自己的换了新电脑之后，安装1.9.4版本可以查看完整版的100ns的10000帧的轨迹，没什么问题。看动力学模拟的md.mdp文件，这些参数都是自己设置的，nsteps是总步数，nstxcout是多少步输出一帧，前者除上后者就是总的帧数。但是有一个很尴尬的问题就是，如果要保存部分轨迹，也需要加载完全部的，一般加载时候中后期电脑就崩了。
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