Gromacs中trr文件转换为可读文件方法

因为trr不可读,所以需要转换成坐标文件进行读取。准备好结果文件中的trr和gro文件,然后运行以下代码:

gmx trjconv -f xxx.trr -s xxx.gro -o out.gro

-f和-s中的参数为我们结果文件中的trr和gro文件;-o后面的是输出的可读文件。

导出后的文件可以用记事本读写,如果文件过大,用下面JAVA代码读取:

public class readGromacs {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        //parameters
        int ii = 1; //输入你想要读的行数
        //parameters
        String atomFile = "D:\\SM2nvt2_p.gro"; //输入文件路径
        FileReader reader = new FileReader(atomFile);
        BufferedReader br = new BufferedReader(reader);
        //PrintWriter out = new PrintWriter(new BufferedWriter(new FileWriter(atomFile)));
        String str = null;
        int i=1;
        while ((str = br.readLine()) != null) {
            if(i==ii){
               System.out.println(str);
            }
            i++;
        }
        br.close();
        reader.close();
    }
}
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