因为trr不可读,所以需要转换成坐标文件进行读取。准备好结果文件中的trr和gro文件,然后运行以下代码:
gmx trjconv -f xxx.trr -s xxx.gro -o out.gro
-f和-s中的参数为我们结果文件中的trr和gro文件;-o后面的是输出的可读文件。
导出后的文件可以用记事本读写,如果文件过大,用下面JAVA代码读取:
public class readGromacs {
public static void main(String[] args) throws IOException {
//parameters
int ii = 1; //输入你想要读的行数
//parameters
String atomFile = "D:\\SM2nvt2_p.gro"; //输入文件路径
FileReader reader = new FileReader(atomFile);
BufferedReader br = new BufferedReader(reader);
//PrintWriter out = new PrintWriter(new BufferedWriter(new FileWriter(atomFile)));
String str = null;
int i=1;
while ((str = br.readLine()) != null) {
if(i==ii){
System.out.println(str);
}
i++;
}
br.close();
reader.close();
}
}