nibabel库一NIfTI文件 nii.gz格式的医学图像处理库

最新推荐文章于 2024-04-29 16:19:27 发布
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分类专栏： NifTi数据格式
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版权

官网API:   https://nipy.org/nibabel/manual.html

1. 下载

pip install nibabel

2.数据读取

img_path = "/IXI-T1/IXI249-Guys-1072-T1.nii.gz"
img = nib.load(img_path)
print(img.shape)

直接打印img可以看到很多信息，包括shape, 仿射值，数据类型，矩阵等等。

3. 获取数据矩阵，使用get_fdata()获取的是格式为numpy格式

data = img.get_fdata()

 

 

 

 

Tina姐
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专栏目录
Nibabel 读取 nii 文件和 nii.gz 文件
weixin_44223170的博客
12-06 3666
Nibabel 读取 nii 文件和 nii.gz 文件 读取nii文件并且将nii文件转换为png格式 import numpy as np import nibabel as nib import os import imageio # 文件路径 nii_path = 'your nii path' save_path = 'your save_path' # 1. 提取niifile文件（其实是提取文件） img = nib.load(nii_path) # 获取niifile数据 img_fda
3d-nii-visualizer:使用VTK和Qt5的NIfTI（nii.gz）3D可视化工具
05-11
使用VTK和Qt5的NIfTI（nii.gz）3D可视化工具使用Python运行创建一个虚拟环境。 Mac可以使用virtualenv或conda。 Windows必须使用conda。 安装依赖项（PyQt5，vtk和sip） pip install PyQt5 vtk 启动程序python ./...
Python库 | nibabel-1.3.0.zip
05-25
资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：nibabel-1.3.0.zip 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059
【数据处理】使用pymic库裁剪nii.gz文件
最新发布
qq_43426908的博客
04-29 511
我有一个图像文件为nii.gz格式，做了一个分割，得到了一个mask，格式也为nii.gz，我需要根据mask，设定一个box框，裁剪对应的图像文件。对应到一个临床问题上就是，心脏核磁数据，我需要裁剪关于心脏的感兴趣区域，其他部分舍弃掉。
Python第三方库之nibabel
AlbertDarren的博客
12-01 1万+
NiBabel提供对一些常见医学和神经影像文件格式的读/写访问，包括（plain，SPM99，SPM2及更高版本），，NIfTI1，，，MINC1，，和以及Philips PAR/REC。该库可以完全或选择性地访问各种图像格式的元数据，可以通过 NumPy 数组访问图像数据，对的支持非常有限，也是PyNIfTI第三方库的继任者。nibabel图像由三个方面组成本文主要讨论利用nibabel库读写NIfTI格式的脑肿瘤图像，文件后缀名为.nii.gz，同时使用matplotlib显示图像数据。
nibabel: Python工具包，用于读取、操作和显示医学成像数据
gitblog_00003的博客
03-12 535
nibabel: Python工具包，用于读取、操作和显示医学成像数据 项目简介 nibabel是一个Python开源库，旨在简化医学成像数据的处理。它提供了与多种文件格式（如NifTI、MINC、Analyze等）交互的能力，并为图像数据的操作和分析提供了有用的函数和类。 借助nibabel，你可以轻松地访问、转换和可视化各种医学成像数据，包括MRI、fMRI和扩散张量成像(DTI)等多种类型的...
python 读取并显示 .nii格式文件(nibabel库）
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PKnotnull的博客
06-28 2万+
pip install nibabelimport nibabel as nib import skimage.io as io import numpy as np img=nib.load('1.nii') img_arr=img.get_fdata() img_arr=np.squeeze(img_arr) io.imshow(img_arr)
PyPI 官网下载 | nibabel-2.5.1-py3-none-any.whl
01-06
资源来自pypi官网。 资源全名：nibabel-2.5.1-py3-none-any.whl
python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件实例
12-17
nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。 使用nibabel 由于使用nibabel图像会旋转90度，所以读取保存的时候还得保存映射信息，3维图像格式为（z, y, x） 读取nii.gz文件 img = ...
读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作
09-16
除了nibabel，SimpleITK也是一个强大的医学图像处理库。在SimpleITK中，我们可以使用`ReadImage`函数读取.nii或.nii.gz文件： ```python import SimpleITK as sitk import skimage.io as io def read_img(path): ...
切片_nii_nii.gz切片_nii切片_nii图像切片_mri切片多少钱_
09-29
在本讨论中，我们将深入探讨与“nii”和“nii.gz”文件格式相关的内容，以及如何处理这些切片数据。 “nii”文件格式是用于存储MRI和CT扫描结果的标准格式之一，全称为Neuroimaging Informatics Technology ...
nibabel:用于访问各种神经影像文件格式的 Python 包
07-24
巴别塔 对一些常见的神经影像文件格式的读/写访问 该软件包提供对一些常见医学和神经影像文件格式的读 +/- 写访问，包括： （普通、SPM99、SPM2 及更高版本）、 、 、 、 、 、 、 、 和以及飞利浦 PAR/REC。 我们可以读写几何、注释和形态测量文件。 对支持非常有限。 NiBabel是的继任者PyNIfTI 。 各种图像格式类提供对标题（元）信息的完全或选择性访问，并且通过 NumPy 数组可以访问图像数据。 网站 关于 nibabel 的最新文档总是可以在NIPY nibabel 网站上找到。 邮件列表 请将任何问题或建议发送到神经影像邮件列表。 代码 使用以下命令安装 nibabel： pip install nibabel 您也可能对。。。有兴趣： Github 上的nibabel 代码库； 所有版本和当前开发树的文档； 从 pypi
anaconda 安装 nibabel
SWY's Workshop
11-07 2358
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conda安装nibabel命令
qq_36011385的博客
01-07 5340
使用pip安装nibabel包时出错（pip install nibabel) 可以在conda官网查命令： https://anaconda.org/conda-forge/nibabel 任意一个命令： conda install -c conda-forge nibabel conda install -c conda-forge/label/gcc7 nibabel conda install -c conda-forge/label/cf201901 nibabel conda install -
NiBabel 使用
mvpboy123的博客
05-22 1990
用于读取医学数据，nii格式。英文比较好的，有代码基础的可以直接看官网使用说明。 官方的网址如下： https://nipy.org/nibabel/nibabel_images.html#the-image-object 安装 pip install nibabel 导入 import nibabel as nib 简单的例子 `import os import nibabel as nib 读取图像 path=‘C:\Users\Darren\Desktop\example.nii.gz’ img=
nibabel库 - 初步
Pierce_KK的博客
08-22 6646
我的目的主要是利用 nibabel 这个库来处理一些 NIFTI 格式的 医学方面的数据。 官方的网址如下： https://nipy.org/nibabel/nibabel_images.html#the-image-object 首先， 自然是安装库， 然后我们使用 load 函数来读取一个 nii.gz格式的文件， 它 return 的是一个 <class 'n...
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读取nii.gz格式的医学图像和标签
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直接在Pycharm中CV 安装相应的包可对具体内容取消注释进行展示 import numpy as np # 转换格式 import nibabel as nib # 读取数据 import matplotlib.pyplot as plt # 单张图像展示 from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D # nii.gz展示 import matplotlib matplotlib.use('TkAgg') # 用于滚动查看nii.gz # 使用 niba
python 修改nii.gz格式图像分辨率
05-23
要修改nii.gz格式图像分辨率可以使用Python中的nibabel库。首先需要安装nibabel库，可以使用以下命令进行安装： ``` pip install nibabel ``` 然后可以使用以下代码将原始图像读取为nibabel格式对象： ```python import nibabel as nib img = nib.load('original_image.nii.gz') ``` 接着可以使用相应的方法修改分辨率，例如将分辨率修改为1x1x1： ```python new_zooms = (1, 1, 1) new_affine = img.affine.copy() new_affine[0:3,0:3] = img.affine[0:3,0:3]*img.header.get_zooms()[:3]/new_zooms new_img = nib.Nifti1Image(img.get_fdata(), new_affine) ``` 最后将修改后的图像保存： ```python nib.save(new_img, 'modified_image.nii.gz') ```

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