3D Slicer-最强大的开源医学图像分割工具简要概述

3D Slicer-最强大的开源医学图像分割工具简要概述

本系列涵盖从 3D Slicer 医学图像查看器的基础使用到高级自动分割扩展程序的内容(从入门到高阶!),具体包括软件安装、基础使用教程,自动分割扩展(totalsegmentator, monai label)快速标注数据。

我们将学习 3D Slicer 的基础知识,并熟悉其内置模块、扩展和图像处理工具。熟悉这些工具和 3D Slicer 工作流程将使我们能够了解本系列第 2 部分和第 3 部分中的自动分割扩展。

Tina姐:强烈建议做图像分割的宝宝们好好学习,跟着Tina姐涨姿势!本教程耗时一周完成,特别感谢我的老板给予技术支持。如果对你有帮助,转发支持一下🖖

这是该系列的第一篇,简要概述 3D Slicer 的布局和功能,这将使您能够快速学习 3D Slicer 中可用的基本工具。我们的目标是,在完成本文后,同学们将能够轻松地使用 3D Slicer,以便能够阅读本系列后面的文章:使用自动图像分割工具快速标注数据,用于机器学习管道和模型的开发。

1.什么是3D Slicer

3D Slicer 是一个免费的开源软件平台,用于医学、生物医学和其他 3D 图像的可视化、处理、分割、配准和分析。

Slicer 的功能包括:

  • 读/写DICOM图像和多种其他格式;
  • 三维图像、多边形网格和体积渲染的交互式可视化;
  • 手动编辑和标记图像;
  • 使用刚性和非刚性算法融合和共同配准数据;
  • 图像自动分割;
  • 跟踪图像引导程序的设备。

3d slicer

2.为什么使用3D Slicer

3D Slicer 旨在通过可定制的平台解决高级图像计算挑战,该平台由知识渊博的用户和开发人员组成的强大社区创建和维护,共同努力改善医学成像,详情见3D slicer社区。它可以轻松处理成像数据,因此可用于研究目的、手术计划等。

3D Slicer 有很多用途。但对于我们深度学习应用开发而言,最常用它来标注数据。为了让用户更快速的标注数据,它提供了基于深度卷积神经网络的自动图像分割算法,大大提升标注速度。

3D Slicer和自动图像分割工具使用户能够以各种文件格式分割和保存生物医学图像数据,以准备在机器学习和深度学习pipeline中使用的数据。

3.下载 3D Slicer

前往3D Slicer 官网页面下载 3D Slicer。

3d slicer 版本

3D Slicer 有 2 个版本 - 稳定版本和预览版本。预览版每天都会更新,并将测试最新的功能、我们将下载稳定版本

踩坑经验:

  • 最新的5.6.1版本在mac上安装后闪退,我用的5.7版本,但是此篇教程所有的配图用的4.13版本,界面有些许差别
  • 如果你要使用后面的自动扩展程序,建议在有GPU的电脑上安装(普通笔记本上会很慢,准确性也不高)

4.用户界面

下载并安装 3D Slicer 后,您就可以开始探索该软件了。

用户界面

先对界面有个简单的了解,我们后续用到某个功能时再仔细讲解。关于界面各个功能模块可以前往3D Slicer 用户界面文档查看

数据类型

医学成像数据有多种形式和表示形式,这可能会让刚刚进入该领域的人感到困惑。下图简要概述了使用 Slicer 时遇到的最典型的数据类型,尤其是在涉及分割的工作流程中。

数据类型

5.3D Slicer功能模块概述

所有的功能模块可在工具栏里找到,提供搜索,下拉选择,左右切换等功能。

功能模块概览

欢迎模块

“欢迎”模块 — 3D Slicer 的主页

data模块

充当中央数据组织中心。列出当前场景中的所有数据,并允许搜索、重命名、删除和移动等基本操作。

【插入GIF】

DICOM模块

导入和导出 DICOM 对象,例如图像、分割、结构集、放射治疗对象等。

volumes模块

用于更改三维数据的展示外观。与体渲染模块不同,不会渲染数据的 3D 表示。但是会更改2D 切片视图中的视觉外观(如窗宽窗位的调整)。

volume 模块

volume rendering模块

提供3D 图像数据的交互式可视化。

segmentations模块

编辑显示属性和导入/导出segmentation

segment editor模块

使用各种手动、半自动和自动工具对 3D 体积进行分割。这个或基于此模块的类似扩展(例如 MONAILabel)是您在分割时将花费大部分时间的地方。建议观看提供的教程或阅读文档,以熟悉各种可用的分割工具。即使在使用自动分割扩展时,您也将使用这些工具。它们使用起来非常简单。

除了这些常用模块外,3D Slicer 还提供了各种扩展的插件。

6.总结

3D slicer的大概情况就介绍到这里。它的功能非常强大,也没有必要说掌握每个功能的使用。要用什么功能学什么,现在B站,YOU管都有非常多的教学视频。

我们此次教程主要是学会用monai label和monai bundle做自动分割。

如果你要学习更多3D slicer的教程推荐以下视频

  • YOU管:放链接有风险,根据截图自己搜。 包括3D Slicer 基础知识的快速教程系列(11 个视频 - 55 分钟)涵盖了 3D Slicer 的基础知识、工具、外观和使用方法
  • B站教程有Li的视频教程。一共24小节,可选学。

下一篇中,我们将学习如何使用3D slicer自动分割扩展
segment editor

将上述 HTML 代码转换为 Vue 组件需要考虑以下几个方面: 1. **模板部分**:将 HTML 结构迁移到 Vue 模板中。 2. **样式部分**:可以使用 `<style>` 标签或外部 CSS 文件引入样式。 3. **脚本部分**:将 JavaScript 逻辑迁移到 Vue 方法中。 4. **数据绑定**:使用 Vue 的数据绑定功能管理动态数据。 以下是一个详细的 Vue 组件示例: ### `YanQing.vue` ```vue <template> <div id="app"> <header> <img src="images/网站LOGO.png" class="logo" alt="logo"> <button class="button6" @click="playAudio()"> <h1>欢迎来到北京延庆区</h1> </button> <div id="time">{{ currentTime }}</div> <nav> <ul> <li><router-link to="#overview">概述</router-link></li> <li><router-link to="#basic-info">基本信息</router-link></li> <li><router-link to="#history">历史</router-link></li> <li><router-link to="#attractions">景点</router-link></li> <li><router-link to="#food">美食</router-link></li> </ul> </nav> </header> <main> <section id="overview"> <div class="item"> <h2>概述</h2> <p>{{ overviewContent }}</p> </div> </section> <div id="carousel"> <img src="images/H1.png" title="延庆区地图"> <img src="images/H2.png" title="延庆区"> <video src="videos/h1.mp4" controls></video> </div> <section id="basic-info"> <div class="item"> <h2>基本信息</h2> <ul> <li v-for="(info, index) in basicInfo" :key="index">{{ info }}</li> </ul> </div> </section> <section id="history"> <div class="item"> <h2>历史</h2> <p>{{ historyContent }}</p> </div> </section> <section id="attractions"> <div class="item" v-for="(attraction, index) in attractions" :key="index"> <h2>{{ attraction.title }}</h2> <p>{{ attraction.content }}</p> <a :href="attraction.link" target="_blank">{{ attraction.title }}</a> <img v-for="image in attraction.images" :src="image.src" :alt="image.alt" :key="image.src"> </div> </section> <section id="food"> <div class="item"> <h2>美食</h2> <p>{{ foodContent }}</p> <img src="images/H5.png" title="延庆火勺"> <img src="images/H6.png" title="贺式酱猪脸"> <img src="images/H7.png" title="八八席"> </div> </section> <button @click="showMoreInfo"> <a href="https://baike.baidu.com/item/%E5%BB%B6%E5%BA%86%E5%8C%BA/3506295">了解更多信息</a> </button> <button id="goBack" @click="scrollToTop">返回顶部</button> <router-link to="AreaList.html" class="button">返回列表</router-link> </main> <footer> <p>© 2024 北京延庆欢迎你!</p> </footer> </div> </template> <script> export default { data() { return { currentTime: '', overviewContent: ` 延庆区,隶属北京市,为北京市郊区之一,地处北京市西北部,东邻怀柔区,南接昌平区,西与河北省怀来县接壤,北与河北省赤城县相邻,地处长城以北,山地多,海拔高,太阳辐射强,昼夜温差大,冬冷夏凉,地域总面积1995平方公里。截至2023年6月,延庆区辖3个街道、11个镇、4个乡。截至2023年末,延庆区常住人口34.3万人。延庆素有北京“夏都”之称,是北京市太阳能资源丰富的地区。有妫河生态休闲走廊、官厅水库生态库滨带、北山生态休闲观光带和龙庆峡下游森林公园等10万余亩的四大生态景观走廊。2013年9月,北京延庆地质公园入选联合国教科文组织世界地质公园网络名录,被授予“中国延庆世界地质公园”称号。是第三批国家新型城镇化综合试点地区、国家知识产权试点城市、国家卫生城市(区)、第三批国家农产品质量安全县。延庆已发展成为北京市牡丹产业规模大的区域。 `, basicInfo: [ '延庆区位于北京市西北部。区域地处东经115°44′-116°34′,北纬40°16′-40°47′,东与怀柔相邻,南与昌平相联,西面和北面与河北省怀来、赤城接壤。地域总面积1995平方公里,其中,山区面积占72.8%,平原面积占26.2%,水域面积占1%。', '延庆区北东南三面环山,西临官厅水库的延庆八达岭长城小盆地,即延怀盆地,延庆位于盆地东部,全境平均海拔500米左右。海坨山为境内高峰,海拔2241米,也是北京市第二高峰。', '延庆区属大陆性季风气候,属温带与中温带、半干旱与半湿润带的过渡连带。气候冬冷夏凉,年平均气温8℃。热月份气温比承德低0.8℃,是著名的避暑胜地。拥有105平方千米的地热带,具有丰富的浅层地热资源。年日照2800小时,是北京市太阳能资源丰富的地区。延庆官厅风口70米高平均风速7米/秒以上,风力资源占全市的70%。', '延庆区地处永定河、潮白河水系上游,属独立水系。县内有Ⅳ级以上河流18条,其中III级河流2条(白河、妫水河),Ⅳ级河流16条,年流域总量1.9亿立方米。妫水河是全境大的河流,流域面积1064.3平方千米。' ], historyContent: ` 《史记》中记载,黄帝与炎帝三战而后合,得其志于阪泉。考古发现约六、七千年前,延庆境内即有居民活动。春秋时期,延庆曾是山戎族活动地区,春秋晚期和战国初期地属燕国。秦统一全国后,始设上谷郡,置上兰、居庸县,今延庆属之。西汉,上谷郡领县15,其中夷舆县、居庸县均在本境。东汉,撤夷舆县,合为居庸县。北齐,废居庸并入怀戎县。唐初,怀戎属北燕州,贞观八年(634年)北燕州改名妫州,天宝年间,妫州改为妫州郡,今延庆属地始从怀戎县析出,设置为妫川县(以妫水名之)。唐末及辽金时,改为缙山县(以缙山名之)。元世祖至元初,缙山县属大都路奉圣州;元仁宗爱育黎拔力八达出生于香水园,其登基后,于元延祐三年(1316年),升缙山县为龙庆州。元灭明立,废州设隆镇卫,建文元年(1399年),改隆镇卫为隆庆卫。永乐十二年(公元1414年),复置隆庆州,直至隆庆元年(1567年),为避穆宗年号遂易为延庆州。清仍沿用延庆州。民国二年(1913年),全国废州改县,始称延庆县。民国时期,属察哈尔省。1952年,撤销察哈尔省后改属河北省张家口地区。1958年10月,延庆县划归北京市,成为首都西北门户。2015年11月,撤销延庆县,设立延庆区,政府驻地不变。2015年12月,延庆区挂牌。 `, attractions: [ { title: '八达岭长城', link: 'http://www.badaling.cn/', content: ` 八达岭长城位于军都山关沟古道北口。是中国古代伟大的防御工程万里长城的重要组成部分,是明长城的一个隘口。八达岭长城为居庸关的重要前哨,古称“居庸之险不在关而在八达岭”。明长城的八达岭段被称作“玉关天堑”,为明代居庸关八景之一。八达岭长城是明长城向游人开放早的地段,八达岭景区以八达岭长城为主,兴建了八达岭饭店和由江泽民主席亲笔题名的中国长城博物馆等。全国文明风景旅游区示范点。1961年八达岭长城被国务院列为全国首批重点文物保护单位;1982年列为国家重点风景名胜区;1987年被联合国教科文组织列入“世界文化遗产”名录;2007年被评为世界“新七大奇迹之首”、国家首批“5A”级旅游景区。 `, images: [ { src: 'images/H4.png', alt: '八达岭长城' }, { src: 'images/H8.png', alt: '八达岭长城' }, { src: 'images/H9.png', alt: '八达岭长城' } ] }, { title: '中国延庆世界地质公园', link: 'http://www.globalgeopark.org.cn/parkintroduction/geoparks/china/11911.htm', content: ` 中国延庆世界地质公园规划面积620.38平方千米,包括千家店、龙庆峡、古崖居、八达岭4个园区,是以十几亿年前海相碳酸盐岩为物质基础,以1亿多年前燕山运动地质遗迹为核心,集构造、沉积、古生物、岩浆活动及北方岩溶地貌为一体的综合性地质公园。早在2001年就评为国家级地质公园。 `, images: [ { src: 'images/H10.png', alt: '中国延庆世界地质公园' }, { src: 'images/H11.png', alt: '中国延庆世界地质公园' }, { src: 'images/H12.png', alt: '中国延庆世界地质公园' } ] } ], foodContent: ` 延庆区的美食以农家菜为主,口味独特,营养丰富。这里的特色美食有延庆火勺、贺式酱猪脸、八八席等。 ` }; }, methods: { playAudio() { const audio = document.getElementById('myAudio'); audio.play(); }, showMoreInfo() { window.open('https://baike.baidu.com/item/%E5%BB%B6%E5%BA%86%E5%8C%BA/3506295', '_blank'); }, scrollToTop() { window.scrollTo({ top: 0, behavior: 'smooth' }); }, updateTime() { this.currentTime = new Date().toLocaleTimeString(); } }, created() { setInterval(this.updateTime, 1000); } }; </script> <style scoped> /* 引入外部样式表 */ @import url('./css/YanQingStyle.css'); /* 添加一些基本样式 */ #app { font-family: Avenir, Helvetica, Arial, sans-serif; -webkit-font-smoothing: antialiased; -moz-osx-font-smoothing: grayscale; text-align: center; color: #2c3e50; } header { background-color: #f8f9fa; padding: 20px; border-bottom: 1px solid #ddd; } .logo { width: 100px; height: auto; } .button6 { background-color: #4CAF50; color: white; padding: 10px 20px; cursor: pointer; border: none; border-radius: 5px; } #time { margin-top: 10px; font-size: 18px; color: #555; } nav ul { list-style-type: none; padding: 0; } nav ul li { display: inline; margin-right: 10px; } nav ul li a { text-decoration: none; color: #333; font-weight: bold; } main { padding: 20px; } .item { margin-bottom: 20px; } button { margin: 10px; padding: 10px 20px; background-color: #007BFF; color: white; border: none; border-radius: 5px; cursor: pointer; } button:hover { background-color: #0056b3; } </style> ``` ### 解释 1. **模板部分**: - 使用 Vue 的模板语法将 HTML 内容迁移到 `<template>` 标签中。 - 使用 `v-for` 循环渲染列表项。 - 使用 `v-bind` (`:`) 和 `v-on` (`@`) 进行属性绑定和事件处理。 2. **脚本部分**: - 在 `data` 函数中定义组件的数据属性。 - 定义方法 `playAudio`, `showMoreInfo`, `scrollToTop`, 和 `updateTime` 来处理页面逻辑。 - 在 `created` 生命周期钩子中启动定时器更新时间。 3. **样式部分**: - 使用 `<style scoped>` 标签引入外部样式表,并添加一些基本样式。 这样,你就将原始的 HTML 代码成功转换成了一个详细的 Vue 组件。
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